| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,819,774 | G→T | 26.1% | P61P (CCG→CCT) | nrfD → | formate‑dependent nitrite reductase, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,819,774 | 0 | G | T | 26.1% | 129.4 / 35.9 | 80 | P61P (CCG→CCT) | nrfD | formate‑dependent nitrite reductase, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/17); new base T (10/11); total (52/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCT > minE/2819729‑2819832 | cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:289270/1‑69 (MQ=255)cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt < 1:514620/69‑1 (MQ=255)cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt < 1:2172518/69‑1 (MQ=255)cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:2181779/1‑69 (MQ=255)cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt < 1:468143/69‑1 (MQ=255)cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:2402988/1‑69 (MQ=255)cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:1279061/1‑69 (MQ=255)cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt < 1:1274438/69‑1 (MQ=255)cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:2860247/1‑69 (MQ=255)cggTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGGCTGtt < 1:385818/69‑1 (MQ=255) aGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGt > 1:268567/1‑68 (MQ=255) aGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTc > 1:2634067/1‑69 (MQ=255) aGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTc > 1:443343/1‑69 (MQ=255) aGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTc > 1:644374/1‑69 (MQ=255) aCGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg > 1:2278272/1‑57 (MQ=255) aCGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg > 1:367194/1‑57 (MQ=255) aCGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg > 1:3201879/1‑57 (MQ=255) aCGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg > 1:208764/1‑57 (MQ=255) aCGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg > 1:656609/1‑57 (MQ=255) aCGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg > 1:1262180/1‑57 (MQ=255) aCGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg > 1:969256/1‑57 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGAt > 1:3371334/1‑43 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:593510/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:113561/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:217035/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:3274432/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:1826894/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:593690/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:3247544/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:804075/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGtt > 1:2402464/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTCtt > 1:1084668/1‑55 (MQ=255) ttGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCAc < 1:2753658/69‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCAc < 1:501492/69‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCAc < 1:1927294/69‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCAc < 1:1949782/69‑1 (MQ=255) tgctgcGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTg > 1:396812/1‑50 (MQ=255) tgctgcGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCAc > 1:2915136/1‑68 (MQ=255) tgctgcGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCAc > 1:1989992/1‑68 (MQ=255) tgctgcGCACCACGCTGATTGTAGGGCAGGGCGCGGTGATc > 1:1264294/1‑41 (MQ=38) gctgcGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCt > 1:2536590/1‑69 (MQ=255) gctgcGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCt > 1:804309/1‑69 (MQ=255) gctgcGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCt > 1:615576/1‑69 (MQ=255) gctgcGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCt > 1:2862629/1‑69 (MQ=255) gctgcGCACCACGCTGATTGTCGGG‑‑GGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTg > 1:1993996/1‑68 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTc > 1:947704/1‑56 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACaa > 1:3277450/1‑69 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACaa > 1:1078447/1‑69 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACaa > 1:3213815/1‑69 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACaa > 1:977284/1‑69 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACaa > 1:3138767/1‑69 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACaa > 1:2119469/1‑69 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACaa > 1:2831005/1‑69 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACaa > 1:1275966/1‑69 (MQ=255) gcACCACGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACa > 1:1834343/1‑68 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:1332321/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:1386317/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:1630478/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:2013121/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:1288524/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:2373984/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:2722270/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:2991410/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:3149366/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:3102595/43‑1 (MQ=255) cacGCTGATTGTCGGGCCTGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTg < 1:3160476/43‑1 (MQ=255) acGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCg > 1:2382523/1‑69 (MQ=255) acGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCg > 1:442605/1‑69 (MQ=255) acGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCg > 1:1994877/1‑69 (MQ=255) acGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCg > 1:1811370/1‑69 (MQ=255) acGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCg > 1:714512/1‑69 (MQ=255) gCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTg < 1:2961849/69‑1 (MQ=255) gCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTg < 1:3221748/69‑1 (MQ=255) cTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTgg > 1:256129/1‑69 (MQ=255) tGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCt < 1:714110/68‑1 (MQ=255) gTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGAc < 1:1122831/53‑1 (MQ=255) gTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGAc < 1:868089/53‑1 (MQ=255) gTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGAc < 1:2195064/53‑1 (MQ=255) gTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGAc < 1:2377585/53‑1 (MQ=255) gTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGAc < 1:3094259/53‑1 (MQ=255) | CGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCT > minE/2819729‑2819832 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |