| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,839,818 | C→T | 34.5% | T263T (ACG→ACA) | ampC ← | beta‑lactamase/D‑alanine carboxypeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,839,818 | 0 | C | T | 34.5% | 77.7 / 55.9 | 101 | T263T (ACG→ACA) | ampC | beta‑lactamase/D‑alanine carboxypeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/48); new base T (15/20); total (33/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CCCAGGCCCTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTCAATGGTC > minE/2839750‑2839884 | cccagGCCCTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGc < 1:985062/69‑1 (MQ=255)cccagGCCCTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGc < 1:2564596/69‑1 (MQ=255)cccagGCCCTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGc < 1:3100433/69‑1 (MQ=255)cccagGCCCTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGc < 1:708202/69‑1 (MQ=255)cccagGCCCTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGc < 1:162166/69‑1 (MQ=255)cccagGCCCTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGc < 1:289163/69‑1 (MQ=255)cccagGCCCTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGc < 1:2896666/69‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:224637/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:1406708/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:2197205/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:826312/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:1446973/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:590659/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:2882032/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:809762/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:2490773/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:1208070/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:2969132/66‑1 (MQ=255) agacccTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:965291/66‑1 (MQ=255) 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cATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTAGTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGa > 1:2143845/1‑68 (MQ=255) tCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:240685/54‑1 (MQ=255) cGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:351120/53‑1 (MQ=255) cGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAggg < 1:3303013/69‑1 (MQ=255) cGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAggg < 1:1111428/69‑1 (MQ=255) cGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAggg < 1:865810/69‑1 (MQ=255) tttGCCAGTAGCTAGATTGTTACAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGtt < 1:2445331/47‑1 (MQ=255) tAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCATTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTg > 1:1678522/1‑69 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:690301/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:853748/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:842125/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:1832582/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:760764/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:1874656/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:2776425/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:2041956/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:2645457/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:3217452/1‑47 (MQ=255) gaTTGTGCCAGTTGTATACCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:3070603/1‑47 (MQ=255) gaTCGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:553275/1‑47 (MQ=255) gaTAGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGTGTTTTCTCATTGATATc > 1:1033630/1‑47 (MQ=255) gTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCa > 1:1880254/1‑69 (MQ=255) gTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCa > 1:1153857/1‑69 (MQ=255) gTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCa > 1:2634152/1‑69 (MQ=255) gTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCa > 1:2477838/1‑69 (MQ=255) gTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCa > 1:3237699/1‑69 (MQ=255) aTCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCat < 1:353695/68‑1 (MQ=255) aTCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCat < 1:1419700/68‑1 (MQ=255) aTCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCat < 1:222596/68‑1 (MQ=255) tCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCat < 1:1845593/67‑1 (MQ=255) ccTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:291005/40‑1 (MQ=255) ccTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:1908676/40‑1 (MQ=255) ccTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:707920/40‑1 (MQ=255) ccTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:351965/40‑1 (MQ=255) ccTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:3416313/40‑1 (MQ=255) ccTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:3265662/40‑1 (MQ=255) ccTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:2796569/40‑1 (MQ=255) ccTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:1111466/40‑1 (MQ=255) ttgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTc < 1:1974567/69‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:1695463/37‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:126911/37‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:1858873/37‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:1877175/37‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:673073/37‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:1089662/37‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:1016330/37‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:2266498/37‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:2307550/37‑1 (MQ=255) tgttgAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTa < 1:2826433/37‑1 (MQ=255) gAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCtt > 1:577441/1‑63 (MQ=255) gAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTc < 1:552634/64‑1 (MQ=255) gAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTc < 1:2055600/64‑1 (MQ=255) gAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTc < 1:3135635/64‑1 (MQ=255) gAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTc < 1:2873879/64‑1 (MQ=255) gAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTc > 1:981042/1‑64 (MQ=255) aaGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTc < 1:2146793/63‑1 (MQ=255) gCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTCAATGGTc < 1:1980613/68‑1 (MQ=255) gCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTCAATGGTc < 1:2083073/68‑1 (MQ=255) gCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTCAATGGTc < 1:1436922/68‑1 (MQ=255) cGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCAccc > 1:224896/1‑44 (MQ=255) cGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCAccc > 1:3004013/1‑44 (MQ=255) | CCCAGGCCCTGATACATATCGCCGGTTTGCCAGTAGCGAGATTGTGCCAGTTGTATCCCTTGTTGAAGCGTTTTCTCATTGATATCAAGGGGTTTTAAATTGCTTTGCACCCAGCGGGCCATATCTTCAATGGTC > minE/2839750‑2839884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |