| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,843,402 | A→G | 24.4% | T193T (ACT→ACC) | frdA ← | fumarate reductase (anaerobic) catalytic and NAD/flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,843,402 | 0 | A | G | 24.4% | 133.6 / 39.8 | 110 | T193T (ACT→ACC) | frdA | fumarate reductase (anaerobic) catalytic and NAD/flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/52); new base G (14/13); total (45/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CCCATACCGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTAGCCATAACGACCGCGTTAGCACGGATCTGCACCAGCGTGCCTTCCATCATGTTCATTGCT > minE/2843337‑2843465 | cccataccGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTa > 1:1027206/1‑69 (MQ=255)cccataccGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTa > 1:2728213/1‑69 (MQ=255)cccataccGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTa > 1:257956/1‑69 (MQ=255)cccataccGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTa > 1:255225/1‑69 (MQ=255)cccataccGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTa > 1:2459908/1‑69 (MQ=255)cccataccGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTa > 1:2339178/1‑69 (MQ=255)cccataccGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTa > 1:3191121/1‑69 (MQ=255)cccataccGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTa > 1:3239020/1‑69 (MQ=255)cccataccGTCACCGGTAACGATGCCGCCGTTGGTGTTGTAACGAT‑AAACGCGACCCGCACCGCCAGTa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |