| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 244,876 | C→A | 41.7% | T182T (ACG→ACT) | sbcD ← | exonuclease, dsDNA, ATP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 244,876 | 0 | C | A | 41.7% | 63.2 / 95.2 | 103 | T182T (ACG→ACT) | sbcD | exonuclease, dsDNA, ATP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/49); new base A (5/38); total (16/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGGTAAT > minE/244813‑244943 | cGTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGc < 1:1221212/69‑1 (MQ=255)cGTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGc < 1:3389254/69‑1 (MQ=255)cGTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGc < 1:2959293/69‑1 (MQ=255)cGTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGc < 1:2645406/69‑1 (MQ=255)cGTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGc < 1:2358031/69‑1 (MQ=255)cGTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGc < 1:2253780/69‑1 (MQ=255)cGTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGc < 1:1569623/69‑1 (MQ=255) gTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCg < 1:3120764/69‑1 (MQ=255) gCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:1503754/69‑1 (MQ=255) gCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:1439670/69‑1 (MQ=255) gCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:3037294/69‑1 (MQ=255) gCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:2279141/69‑1 (MQ=255) gCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:2201136/69‑1 (MQ=255) gCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:2162327/69‑1 (MQ=255) gCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:392761/69‑1 (MQ=255) gCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:1979727/69‑1 (MQ=255) ccAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:312563/68‑1 (MQ=255) ataAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:292894/63‑1 (MQ=255) ataAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:246935/63‑1 (MQ=255) ataAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:242962/63‑1 (MQ=255) ataAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:2342865/63‑1 (MQ=255) ataAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:2104942/63‑1 (MQ=255) ataAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:870122/63‑1 (MQ=255) ataAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:637237/63‑1 (MQ=255) ataAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:1808267/63‑1 (MQ=255) ataAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCgat < 1:670847/63‑1 (MQ=255) taAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTg > 1:2547552/1‑57 (MQ=255) taAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTg > 1:2108233/1‑57 (MQ=255) gTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCagag > 1:747273/1‑68 (MQ=255) tCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTTAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAgg > 1:805202/1‑68 (MQ=255) 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ggCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGc < 1:3137999/69‑1 (MQ=255) ggCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGc < 1:2265744/69‑1 (MQ=255) ggCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGc < 1:843796/69‑1 (MQ=255) ggCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGc < 1:1624038/69‑1 (MQ=255) ggCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGc < 1:3106905/69‑1 (MQ=255) ggCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGc < 1:288550/69‑1 (MQ=255) ggCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGc < 1:2569534/69‑1 (MQ=255) ggCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGAGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGc < 1:2956011/69‑1 (MQ=255) ccACGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGC‑‑AGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:547884/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:3171505/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:3434180/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:683273/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:675594/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:1536231/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:2922480/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:2070784/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:1897214/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:1810416/69‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTAAATGTCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCa < 1:1651434/69‑1 (MQ=255) cGGTCGTTAACTGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCAt < 1:844151/69‑1 (MQ=255) cGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCAt < 1:2699265/69‑1 (MQ=255) cGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGCGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAgt > 1:852660/1‑68 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:3186365/63‑1 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:38085/63‑1 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:514059/63‑1 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:2286002/63‑1 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:328752/63‑1 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:1282390/63‑1 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:1730721/63‑1 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:1669655/63‑1 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:1662667/63‑1 (MQ=255) gTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGtgtt < 1:250362/63‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:788743/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:18105/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:1597327/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:791436/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:1929534/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:521645/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:830821/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:2013631/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:912590/69‑1 (MQ=255) 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tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:3148533/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:1330771/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:3200563/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:3227328/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:2301361/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:350616/69‑1 (MQ=255) tCCAGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCAACGGCATAGTGTTGTTGAta < 1:3414318/69‑1 (MQ=255) ccGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGGtaat < 1:234432/69‑1 (MQ=255) | CGTGCCAATATAAATGTCACGCACGGCGTCACTTTTACTGGCCCCCACGGTCGTTAAATGTCCCGTGGCGATGATGGGCAGAGGCTGATCGCCGCGCAGTTTGCAGGCATCGGCATAGTGTTGTTGGTAAT > minE/244813‑244943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |