| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,856,246 | G→T | 18.4% | L173L (CTG→CTT) | yjeF → | predicted carbohydrate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,856,246 | 0 | G | T | 18.4% | 109.6 / 13.0 | 54 | L173L (CTG→CTT) | yjeF | predicted carbohydrate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/21); new base T (7/3); total (30/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGACCACGCTAATTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCACTTTTAT > minE/2856188‑2856308 | tCGACCACGCTAATTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGaa < 1:3027774/68‑1 (MQ=255)tCGACCACGCTAATTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGaa < 1:436949/68‑1 (MQ=255)tCGACCACGCTAATTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGaa < 1:3170766/68‑1 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTAc > 1:2453345/1‑68 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTAc > 1:728795/1‑68 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTAc > 1:2281798/1‑68 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTAc > 1:2148915/1‑68 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTAc > 1:665332/1‑68 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTAc > 1:3377064/1‑68 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACg < 1:3005301/69‑1 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACg < 1:2283987/69‑1 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACg < 1:1430144/69‑1 (MQ=255) aaTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACg < 1:715750/69‑1 (MQ=255) aTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACg < 1:938684/68‑1 (MQ=255) aTTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACg < 1:1381210/68‑1 (MQ=255) cccATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAg > 1:60958/1‑69 (MQ=255) cccATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAg > 1:1476236/1‑69 (MQ=255) cccATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAg > 1:1369430/1‑69 (MQ=255) gcgcCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGGTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTg < 1:1493169/69‑1 (MQ=255) gcgcCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTg < 1:2492914/69‑1 (MQ=255) ccGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATc < 1:3132028/69‑1 (MQ=255) ccGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATc < 1:3075717/69‑1 (MQ=255) ccGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATc < 1:249248/69‑1 (MQ=255) cGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATc < 1:1144937/68‑1 (MQ=255) ggTTGATATCCCTTCCGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATca < 1:3174994/69‑1 (MQ=255) ggTTGATATCCCTTCCGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATca < 1:1560561/69‑1 (MQ=255) ggTTGATATCCCTTCCGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATca < 1:2085929/69‑1 (MQ=255) ggTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATca < 1:2413889/69‑1 (MQ=255) ggTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATca < 1:2548041/69‑1 (MQ=255) ggTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATca < 1:181512/69‑1 (MQ=255) ggTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATca < 1:210930/69‑1 (MQ=255) ggTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATca < 1:1731322/69‑1 (MQ=255) tGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCacac < 1:2564684/69‑1 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATc > 1:2105390/1‑49 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:3364749/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:2516643/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:416763/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:1520773/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:145180/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:1283409/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:862682/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:3258970/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:3108754/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:307571/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:2676173/1‑69 (MQ=255) cccTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCAc > 1:2637709/1‑69 (MQ=255) cGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACg > 1:112088/1‑47 (MQ=37) cGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATCACACCATCACTTTTAt > 1:3270839/1‑69 (MQ=255) cGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATCACACCATCACTTTTAt > 1:403633/1‑69 (MQ=255) cGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATCACACCATCACTTTTAt > 1:2050734/1‑69 (MQ=255) cGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATCACACCATCACTTTTAt > 1:3081678/1‑69 (MQ=255) cGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATCACACCATCACTTTTAt > 1:236725/1‑69 (MQ=255) cGGCCTTCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATCACACCATCACTTTTAt > 1:855165/1‑69 (MQ=255) cGGCCTGCTGGCTGAAACCGGCGCTACGCCAGGCGCGGTAATCAACGCCGATCACACCATCACTTTTAt > 1:435836/1‑69 (MQ=255) | TCGACCACGCTAATTCCCATCCTGCGCCGATTGTGGCGGTTGATATCCCTTCCGGCCTGCTGGCTGAAACTGGCGCTACGCCAGGCGCGGTGATCAACGCCGATCACACCATCACTTTTAT > minE/2856188‑2856308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |