| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,879,768 | A→G | 29.5% | R86R (CGT→CGC) | ytfE ← | predicted regulator of cell morphogenesis and cell wall metabolism |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,879,768 | 0 | A | G | 29.5% | 75.3 / 36.4 | 81 | R86R (CGT→CGC) | ytfE | predicted regulator of cell morphogenesis and cell wall metabolism |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/37); new base G (12/12); total (32/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
TTTGTCGGCGTGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCGATGATTTCTGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGT > minE/2879702‑2879829 | tttGTCGGCGTGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACg < 1:360231/69‑1 (MQ=255)tttGTCGGCGTGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACg < 1:3095735/69‑1 (MQ=255)tttGTCGGCGTGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACg < 1:2559664/69‑1 (MQ=255) ttGTCGGCGTGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGa < 1:854344/69‑1 (MQ=255) ttGTCGGCGTGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGa < 1:2909108/69‑1 (MQ=255) ttGTCGGCGTGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGa < 1:159181/69‑1 (MQ=255) tGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAg > 1:1157693/1‑69 (MQ=255) tGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAg < 1:3129052/69‑1 (MQ=255) tGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAg > 1:2261680/1‑69 (MQ=255) cgcTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACg < 1:3417588/69‑1 (MQ=255) cGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatga < 1:2563164/69‑1 (MQ=255) cGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatga < 1:703820/69‑1 (MQ=255) cGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatga < 1:2922079/69‑1 (MQ=255) cGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatga < 1:250593/69‑1 (MQ=255) cGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatga < 1:2456059/69‑1 (MQ=255) cGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatga < 1:1706051/69‑1 (MQ=255) cGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatga < 1:1340547/69‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGGAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:3035146/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:74656/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:746077/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:1567975/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:2239784/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:61440/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:1238211/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:432664/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:523905/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:1961428/51‑1 (MQ=255) tAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGt < 1:2008808/51‑1 (MQ=255) gTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTc < 1:1607015/68‑1 (MQ=255) gTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTc < 1:181041/68‑1 (MQ=255) gTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTc < 1:1204648/68‑1 (MQ=255) gTCGCATGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTc < 1:1725413/68‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:575671/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:1281608/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:3159589/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:1299579/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:616340/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:1329618/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:2673742/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:1497352/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:2549177/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:1438679/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:1645400/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGGATCAGCTCCGGCAGCTGCTCGCGATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCgatg < 1:1617320/69‑1 (MQ=255) gCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCgatg > 1:2189597/1‑69 (MQ=255) gCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCgatg > 1:3146866/1‑69 (MQ=255) gCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCgatg > 1:1324964/1‑69 (MQ=255) gCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCgatg > 1:3035726/1‑69 (MQ=255) gCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCgatg > 1:2950904/1‑69 (MQ=255) gCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCgatg > 1:2886438/1‑69 (MQ=255) gCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCgatg > 1:875324/1‑69 (MQ=255) ttGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCgatgat < 1:3149656/69‑1 (MQ=255) tGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGt > 1:1411878/1‑40 (MQ=255) tGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGt > 1:2770552/1‑40 (MQ=255) tCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTTGTAg > 1:2883071/1‑38 (MQ=255) tCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCGATGATTTCTGcc > 1:1527682/1‑68 (MQ=255) tCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCGATGATTTCTGCCa > 1:826492/1‑69 (MQ=255) tCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCGATGATTTCTGCCa > 1:1199181/1‑69 (MQ=255) tCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCAATGATTTCTGCCa > 1:305662/1‑69 (MQ=255) aGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatg < 1:631589/45‑1 (MQ=255) aGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatg < 1:1903781/45‑1 (MQ=255) aGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatg < 1:2089307/45‑1 (MQ=255) aGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatg < 1:1043562/45‑1 (MQ=255) aGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatg < 1:3092552/45‑1 (MQ=255) gCTCCTGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACgatg < 1:584639/44‑1 (MQ=255) tGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCGATGATTTCTGCCAGCGGGGCGCTAc > 1:444233/1‑67 (MQ=255) tGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCGATGATTTCTGCCAGCGGGGCGCTAc > 1:2548437/1‑67 (MQ=255) tGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCGATGATTTCTGCCAGCGGGGCGCTAc > 1:1721792/1‑67 (MQ=255) tGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCGATGATTTCTGCCAGCGGGGCGCTAc > 1:3073388/1‑67 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:979180/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:3342438/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:1410127/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:2678012/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:291917/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:303441/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:733574/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:1782076/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:1786053/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:2381560/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:3308865/1‑69 (MQ=255) cgcgATGGCGATCGTGATAGCGCACAATAATGTGGTCGATGATTTCCGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGt > 1:2108688/1‑69 (MQ=255) | TTTGTCGGCGTGAACGCGCTCGACTTTAGTCGCTTGCAGAATCAGCTCCGGCAGTTGCTCGCGGTGACGATCGTGGTAGCGCACGATGATATGGTCGATGATTTCTGCCAGCGGGGCGCTACGCCAGT > minE/2879702‑2879829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |