| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,881,261 | T→C | 44.1% | H269R (CAC→CGC) | ytfG ← | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,881,261 | 0 | T | C | 44.1% | 21.4 / 82.8 | 102 | H269R (CAC→CGC) | ytfG | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/25); new base C (9/36); total (41/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCC > minE/2881197‑2881319 | tttAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGcc < 1:2656289/69‑1 (MQ=255)tttAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGcc < 1:968316/69‑1 (MQ=255)tttAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGcc < 1:903878/69‑1 (MQ=255)tttAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGcc < 1:615784/69‑1 (MQ=255)tttAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGcc < 1:522004/69‑1 (MQ=255)tttAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGcc < 1:2833104/69‑1 (MQ=255)tttAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGcc < 1:2559649/69‑1 (MQ=255)tttAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGcc < 1:2338718/69‑1 (MQ=255)tttAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGcc < 1:2255080/69‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |