| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,881,281 | T→C | 41.4% | T262T (ACA→ACG) | ytfG ← | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,881,281 | 0 | T | C | 41.4% | 22.0 / 50.3 | 70 | T262T (ACA→ACG) | ytfG | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/24); new base C (9/20); total (26/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCAT > minE/2881215‑2881340 | aaCATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAgtgt > 1:1266355/1‑69 (MQ=255)aaCATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAgtgt > 1:2483372/1‑69 (MQ=255)aaCATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAgtgt > 1:1964758/1‑69 (MQ=255)aaCATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAgtgt > 1:3434820/1‑69 (MQ=255)aaCATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAgtgt > 1:3234526/1‑69 (MQ=255)aaCATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAgtgt > 1:1539446/1‑69 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt < 1:3115603/69‑1 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt < 1:2243208/69‑1 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt < 1:2256125/69‑1 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt < 1:2538848/69‑1 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt < 1:2543927/69‑1 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt > 1:2652233/1‑69 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt > 1:2829744/1‑69 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt < 1:2833647/69‑1 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt < 1:2902255/69‑1 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt > 1:1240370/1‑69 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt > 1:3283921/1‑69 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt < 1:84750/69‑1 (MQ=255) aaaaaGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCt > 1:873588/1‑69 (MQ=255) 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gCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGCCAATCAATTTGCTAAGCGTTTTGCTGTCATCAAACAGa < 1:229318/67‑1 (MQ=255) gCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGCCAATCAATTTGCTAAGCGTTTTGCTGTCATCAAACAGa < 1:1935271/67‑1 (MQ=255) gCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGCCAATCAATTTGCTAAGCGTTTTGCTGTCATCAAACAGa < 1:2601532/67‑1 (MQ=255) gCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGCGGCCAATCAATTTGCTAAGCGTTTTGCTGTCATCAAACAGa < 1:2032113/67‑1 (MQ=255) gCTTTCGGCTAACGTTCTCGTTGGGCGGCCAATCAATTTGCTAAGCGTTTTGCTGTCATCAAACAGa < 1:3243289/67‑1 (MQ=255) tGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGcc < 1:1776959/69‑1 (MQ=255) tGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGcc < 1:756782/69‑1 (MQ=255) tGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGcc < 1:568035/69‑1 (MQ=255) tGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGcc < 1:289223/69‑1 (MQ=255) tGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGcc < 1:3138485/69‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) caatTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAg > 1:2077592/1‑69 (MQ=255) caatTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAg > 1:1384845/1‑69 (MQ=255) caatTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAg > 1:893914/1‑69 (MQ=255) caatTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAg > 1:2986974/1‑69 (MQ=255) caatTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAg > 1:2563466/1‑69 (MQ=255) tttGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCat > 1:2102937/1‑69 (MQ=255) | AACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCAT > minE/2881215‑2881340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |