| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 247,851 | C→T | 16.2% | intergenic (+198/‑209) | phoR → / → brnQ | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB/predicted branched chain amino acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 247,851 | 0 | C | T | 16.2% | 102.7 / 8.5 | 61 | intergenic (+198/‑209) | phoR/brnQ | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB/predicted branched chain amino acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/32); new base T (4/6); total (23/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
GAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGTCATACTGACTGCATTAACGC > minE/247787‑247918 | gAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACTTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTg < 1:182299/69‑1 (MQ=255)gAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcctcg < 1:1725766/69‑3 (MQ=255)gAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTg < 1:2541036/69‑1 (MQ=255)gAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTg < 1:2043202/69‑1 (MQ=255)gAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTg < 1:1110892/69‑1 (MQ=255)gAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTg < 1:660710/69‑1 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTGTGGTTTTTAGATCcctcc > 1:2851269/1‑58 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcct > 1:55348/1‑59 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcct > 1:2931336/1‑59 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcct > 1:51468/1‑59 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcct > 1:2957979/1‑59 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcct > 1:1569754/1‑59 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcct > 1:2672740/1‑59 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcct > 1:3127972/1‑59 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcct > 1:3047645/1‑59 (MQ=255) gtTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCcctcct > 1:1814172/1‑59 (MQ=255) ttATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAAc > 1:3173012/1‑67 (MQ=255) ttATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAAc > 1:3083633/1‑67 (MQ=255) ttATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGt > 1:234187/1‑69 (MQ=255) ttATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGt > 1:2201080/1‑69 (MQ=255) ttATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGt > 1:1059463/1‑69 (MQ=255) ttATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGt > 1:311164/1‑69 (MQ=255) ttATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGt > 1:532205/1‑69 (MQ=255) ttATACTGGATGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTATTTAGATCcctc > 1:2153441/1‑54 (MQ=255) aTTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAAt > 1:949264/1‑69 (MQ=255) aTTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAAt > 1:346122/1‑69 (MQ=255) aTTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAAt > 1:549014/1‑69 (MQ=255) tCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGc < 1:2506401/58‑1 (MQ=255) gCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCa < 1:254255/68‑1 (MQ=255) gCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCa < 1:604793/68‑1 (MQ=255) gCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCa < 1:986087/68‑1 (MQ=255) gCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCa < 1:3171367/68‑1 (MQ=255) gCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCa < 1:1262879/68‑1 (MQ=255) cTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCa < 1:2735528/67‑1 (MQ=255) taCCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTc > 1:1155501/1‑61 (MQ=255) taCCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTc > 1:1672329/1‑61 (MQ=255) taCCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCt > 1:1491763/1‑68 (MQ=255) taCCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCt > 1:489789/1‑68 (MQ=255) taCCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCt > 1:1890463/1‑68 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTgg < 1:3129586/68‑2 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:537275/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:1177199/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:495849/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:479879/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:375960/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:3426341/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:1714305/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:2053249/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:97530/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:2667948/68‑1 (MQ=255) ccTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:912297/68‑1 (MQ=255) tctGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt > 1:882995/1‑66 (MQ=255) tctGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt > 1:730809/1‑66 (MQ=255) tctGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt > 1:898829/1‑66 (MQ=255) tctGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt > 1:772269/1‑66 (MQ=255) gTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:599776/62‑1 (MQ=255) gTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:536580/62‑1 (MQ=255) gTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:572659/62‑1 (MQ=255) gTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGt < 1:1571860/62‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaaa > 1:2735389/1‑41 (MQ=255) tttAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaaa > 1:1000989/1‑41 (MQ=255) tttAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaaa > 1:2077227/1‑41 (MQ=255) tttAGATCCCTTCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaaa > 1:1057783/1‑41 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:763400/40‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:429320/40‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:1529702/40‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:252841/40‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:1551879/40‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:345357/40‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:3272064/40‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:1772637/40‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:2310502/40‑1 (MQ=255) tttAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTaa < 1:256811/40‑1 (MQ=255) tcctTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGTCATACTGACTGCATTAAcgc > 1:138964/1‑69 (MQ=255) tcctTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGTCATACTGACTGCATTAAcgc > 1:389105/1‑69 (MQ=255) tcctTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGTCATACTGACTGCATTAAcgc > 1:1090682/1‑69 (MQ=255) tcctTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGTCATACTGACTGCATTAAcgc > 1:1971822/1‑69 (MQ=255) tcctTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGTCATACTGACTGCATTAAcgc > 1:2406529/1‑69 (MQ=255) tcctTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGTCATACTGACTGCATTAAcgc > 1:1086615/1‑69 (MQ=255) tcctTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGTCATACTGACTGCATTAAcgc < 1:2623569/69‑1 (MQ=255) | GAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGGTGCTGTCATACTGACTGCATTAACGC > minE/247787‑247918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |