| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,885,111 | T→C | 28.1% | I105I (ATT→ATC) | cysQ → | PAPS (adenosine 3'‑phosphate 5'‑phosphosulfate) 3'(2'),5'‑bisphosphate nucleotidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,885,111 | 0 | T | C | 28.1% | 120.6 / 51.5 | 117 | I105I (ATT→ATC) | cysQ | PAPS (adenosine 3'‑phosphate 5'‑phosphosulfate) 3'(2'),5'‑bisphosphate nucleotidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/60); new base C (21/12); total (45/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATGTACAGCGCGGCAG > minE/2885043‑2885178 | gACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCAtt > 1:66001/1‑69 (MQ=255) ccGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGAGCTCATTGAc < 1:707088/69‑1 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:1302380/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:17741/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:2612437/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:2630701/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:1450296/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:725444/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:2941442/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:70688/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:2968150/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:1244463/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:1214613/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:843387/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:3050505/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:1091067/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:310899/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:1026171/1‑58 (MQ=255) cTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCacg > 1:3350686/1‑58 (MQ=255) aaaGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCg < 1:1544412/66‑1 (MQ=255) aaaGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCg < 1:2056996/66‑1 (MQ=255) aaaGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCg < 1:223080/66‑1 (MQ=255) aaaGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCg < 1:2420920/66‑1 (MQ=255) aaaGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCg < 1:440896/66‑1 (MQ=255) aaaGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCg < 1:2976643/66‑1 (MQ=255) aaGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAt > 1:101183/1‑67 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAtttt > 1:2224180/1‑68 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAttt < 1:2513986/67‑1 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAttt < 1:2593061/67‑1 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAttt < 1:1786695/67‑1 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAttt < 1:2494625/67‑1 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAttt < 1:807038/67‑1 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAttt < 1:2318649/67‑1 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAttt < 1:2236493/67‑1 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAttt < 1:3037517/67‑1 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTa > 1:1001424/1‑69 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTa > 1:2411567/1‑69 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTa > 1:2354510/1‑69 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTa > 1:2058138/1‑69 (MQ=255) gagTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTa > 1:2072204/1‑69 (MQ=255) agTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGAttt < 1:1857124/66‑1 (MQ=255) agTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAg > 1:3083672/1‑69 (MQ=255) tttATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATgg > 1:1530646/1‑53 (MQ=255) tttATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGc > 1:3415211/1‑69 (MQ=255) tttATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGc > 1:1126549/1‑69 (MQ=255) tttATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGc > 1:2976240/1‑69 (MQ=255) tttATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGc > 1:1569822/1‑69 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:1865603/69‑3 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:1720835/69‑3 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:1028780/69‑3 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:2990233/69‑3 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:586960/69‑3 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:1941470/69‑3 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:2023950/69‑3 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:2848453/69‑3 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:2863015/69‑3 (MQ=255) ttattaAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:2866706/69‑3 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:2470556/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:3324349/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:690999/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:1138219/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:1365854/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:1395509/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:28757/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:2843956/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:1568703/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:260288/69‑1 (MQ=255) aaaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:1686504/69‑1 (MQ=255) aaCGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:1892181/68‑1 (MQ=255) aTTCACCGTTAACATTGCGCTCATCGACCACGGTAAACCGATTTTAggtg < 1:2783027/50‑3 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:139981/54‑1 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:3430454/54‑1 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:645077/54‑1 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:3308970/54‑1 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATg < 1:94448/69‑1 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATg < 1:453340/69‑1 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATg > 1:3170376/1‑69 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATg < 1:3121959/69‑1 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATg > 1:2581027/1‑69 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATg > 1:243171/1‑69 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATg < 1:1398781/69‑1 (MQ=255) ttCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATg < 1:2409926/69‑1 (MQ=255) gTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg > 1:1871703/1‑48 (MQ=255) tAACATTGCGCTCATT‑ACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:890246/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTGATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:1425385/45‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:1005435/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:3226110/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:1185182/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:709314/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg > 1:1785124/1‑69 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:2027716/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:2227585/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:2252240/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:601808/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:585239/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg > 1:560566/1‑69 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg < 1:2694548/69‑1 (MQ=255) aaCATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATg > 1:2734314/1‑69 (MQ=255) ttGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCgtggtg < 1:486824/41‑1 (MQ=255) tGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATGTACAGCGCGGCAg < 1:828080/68‑1 (MQ=255) | GACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATGTACAGCGCGGCAG > minE/2885043‑2885178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |