| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 250,357 | T→C | 21.0% | D301D (GAT→GAC) | proY → | predicted cryptic proline transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 250,357 | 0 | T | C | 21.0% | 180.0 / 37.1 | 128 | D301D (GAT→GAC) | proY | predicted cryptic proline transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/71); new base C (11/16); total (41/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
ACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATT > minE/250292‑250417 | aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa < 1:977281/69‑1 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa > 1:2273133/1‑69 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa > 1:217257/1‑69 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa > 1:1821197/1‑69 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa < 1:145669/69‑1 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa < 1:2838939/69‑1 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa > 1:2822089/1‑69 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa < 1:3240885/69‑1 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa > 1:1786167/1‑69 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa < 1:820403/69‑1 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa < 1:2232660/69‑1 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa < 1:2628941/69‑1 (MQ=255)aCCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa > 1:2581093/1‑69 (MQ=255) ccTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa < 1:1590388/68‑1 (MQ=255) ccTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTa < 1:182074/68‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2050104/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:2330091/1‑69 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2047092/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:717974/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2366140/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2506062/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1984688/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:676547/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:560182/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:309249/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:3359686/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2761076/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2877380/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2900010/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2986039/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:3005784/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2999128/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1901415/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1259758/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1104472/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1377253/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:335905/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1498290/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1499010/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:928919/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1635383/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1733427/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1842531/69‑1 (MQ=255) cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1169848/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:2538267/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1235696/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1981753/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:418088/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1339805/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1152874/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1386951/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1439530/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1872881/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:707749/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:2508668/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1818332/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:401685/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1704743/69‑1 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTATGCCg > 1:3129582/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:1196674/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:2862593/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:121165/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:1952290/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:2858723/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:3197365/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:835610/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:794013/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:794951/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:1875764/1‑65 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:2193821/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:3354541/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:266624/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:239655/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:1417251/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:114344/69‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:364392/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:526475/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:572431/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:98053/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:3322298/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:1581719/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:2929059/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:2223553/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:2551091/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:2531160/68‑1 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCt > 1:1527362/1‑42 (MQ=38) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCAGGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:271504/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:3278890/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:1581313/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:1755695/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:2532720/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:59332/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:2996222/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:3037329/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgagc > 1:1317059/1‑69 (MQ=255) aTTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:384367/60‑1 (MQ=255) aaCAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAAtt > 1:2507843/1‑69 (MQ=255) aaCAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAAtt > 1:2656967/1‑69 (MQ=255) aaCAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAAtt > 1:2756722/1‑69 (MQ=255) aaCAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAAt > 1:2212796/1‑68 (MQ=255) | ACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATT > minE/250292‑250417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |