| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,893,824 | A→G | 73.1% | E461E (GAA→GAG) | ytfR → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,893,824 | 0 | A | G | 73.1% | 96.2 / 32.9 | 85 | E461E (GAA→GAG) | ytfR | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/15); new base G (29/33); total (37/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGATCATCCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTGG > minE/2893759‑2893885 | gagaTCATCCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTg < 1:698795/69‑1 (MQ=255) agaTCATCCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTgg < 1:2979296/69‑1 (MQ=255) atcatcCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTgg > 1:1858413/1‑67 (MQ=255) atcatcCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTgg > 1:305802/1‑67 (MQ=255) atcatcCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTgg > 1:1061686/1‑67 (MQ=255) atcatcCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTgg > 1:693229/1‑67 (MQ=255) catcCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAaga > 1:1277732/1‑69 (MQ=255) catcCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAaga > 1:1463999/1‑69 (MQ=255) tGAAAGGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGc < 1:243135/67‑1 (MQ=255) tGAAACGCTTTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:3237884/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:716875/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:1020656/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:1954658/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:2188620/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:2372208/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:2838713/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:2859016/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:670490/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:2914920/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:687467/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:3187829/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:3295488/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:1154625/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:1269723/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:1303305/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:1574258/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:1561390/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTGTGAGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:2499277/68‑1 (MQ=255) tGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGc < 1:1331387/67‑1 (MQ=255) gAAACGCTGTGCGCCGATGGGCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:1168696/67‑1 (MQ=255) cTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGAt > 1:1392749/1‑69 (MQ=255) cTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGAt > 1:2043350/1‑69 (MQ=255) ccGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCg < 1:1474629/60‑1 (MQ=255) tGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTAt < 1:1722525/69‑1 (MQ=255) tGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTAt < 1:2821532/69‑1 (MQ=255) tGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTAt < 1:2337782/69‑1 (MQ=255) tGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTAt < 1:858732/69‑1 (MQ=255) tGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTAt < 1:1764059/69‑1 (MQ=255) ggTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTAt < 1:3042520/68‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCt < 1:1517539/44‑1 (MQ=255) ggTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCa < 1:2127107/68‑1 (MQ=255) ggTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCa < 1:508889/68‑1 (MQ=255) ggTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCa < 1:500275/68‑1 (MQ=255) ggTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCa < 1:1976704/68‑1 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGGCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:586125/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:425767/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:3103619/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:924536/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:1224265/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:3200691/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:1698263/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:696973/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:2232596/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:500399/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:60729/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:1128654/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:962696/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:3039624/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:2241384/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:826707/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:258597/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:2649471/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:2694367/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:814862/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:208698/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:2053380/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:913178/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:771319/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:1313213/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:130908/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:3022413/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:1876816/1‑69 (MQ=255) aTCTCCTCCGAGATGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAg > 1:1537048/1‑69 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:988738/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:375209/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:318256/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:2913586/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:2907315/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:2819000/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:2409115/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:2258003/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:2020887/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:1631352/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:1115400/66‑1 (MQ=255) ccGAGCTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTgg < 1:1036213/66‑1 (MQ=255) | GAGATCATCCGCCTGATTGAAACGCTATGCGCCGATGGTCTGGCGCTGCTGGTGATCTCCTCCGAACTGGAAGAGCTGGTGGGCTATGCCGATCGGGTGATTATCATGCGCGATCGCAAACAGGTGG > minE/2893759‑2893885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |