| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,894,122 | C→T | 42.6% | P55P (CCC→CCT) | ytfT → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,894,122 | 0 | C | T | 42.6% | 19.1 / 43.1 | 61 | P55P (CCC→CCT) | ytfT | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/7); new base T (18/8); total (46/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
TAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAT > minE/2894059‑2894172 | tAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGa < 1:2263952/69‑1 (MQ=255)tAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGa < 1:2014240/69‑1 (MQ=255) gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGa < 1:1622114/67‑1 (MQ=255) gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGAc > 1:1871322/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGAc > 1:1611536/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGAc > 1:2706389/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACa > 1:1006946/1‑69 (MQ=255) gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACa > 1:2465265/1‑69 (MQ=255) gCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACa > 1:2699849/1‑69 (MQ=255) cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:2704275/69‑2 (MQ=255) cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:1494866/69‑2 (MQ=255) cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:2477918/69‑2 (MQ=255) cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:1207841/69‑2 (MQ=255) cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:2345200/69‑2 (MQ=255) cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:337061/69‑2 (MQ=255) cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:2340150/69‑2 (MQ=255) cATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGcg < 1:1942150/69‑2 (MQ=255) tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATa > 1:1382040/1‑47 (MQ=255) tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATa > 1:3347683/1‑47 (MQ=255) tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATa > 1:1634691/1‑47 (MQ=255) tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGccc > 1:2783178/1‑67 (MQ=255) tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTc > 1:2917902/1‑69 (MQ=255) tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTc > 1:1208387/1‑69 (MQ=255) tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTc > 1:3372189/1‑69 (MQ=255) tCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGACCCATa > 1:1084516/1‑47 (MQ=255) gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAAGCGTGCGGCcccc > 1:631407/1‑67 (MQ=255) gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:1934706/1‑69 (MQ=255) gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:350671/1‑69 (MQ=255) gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:3327291/1‑69 (MQ=255) gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:375552/1‑69 (MQ=255) 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gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:1686272/1‑69 (MQ=255) gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTCTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:1104598/1‑69 (MQ=255) gCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGCTTGTTCGGTAGCCCTATCGACATTCTTAACCGTGCGGCCCCCGt > 1:2431907/1‑69 (MQ=255) tggtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCg > 1:2450529/1‑68 (MQ=255) tggtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGt > 1:841008/1‑69 (MQ=255) ggtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:2518551/1‑69 (MQ=255) gtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGTCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTa > 1:2042719/1‑69 (MQ=255) gtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTa > 1:964316/1‑69 (MQ=255) cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:3343511/1‑65 (MQ=255) cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:3189361/1‑65 (MQ=255) cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:1424904/1‑65 (MQ=255) cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:2891832/1‑65 (MQ=255) cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:2705621/1‑65 (MQ=255) cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:1479105/1‑65 (MQ=255) cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:1531134/1‑65 (MQ=255) cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:184492/1‑65 (MQ=255) cTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCAT‑‑ACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGtt > 1:1281886/1‑63 (MQ=255) cGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAt < 1:1123215/68‑1 (MQ=255) cGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAt < 1:3181096/68‑1 (MQ=255) cGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAt < 1:2973952/68‑1 (MQ=255) cGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAt < 1:711990/68‑1 (MQ=255) | TAGCCTGGTAGCCCCGCATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCAT > minE/2894059‑2894172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |