| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,894,374 | T→C | 27.6% | T139T (ACT→ACC) | ytfT → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,894,374 | 0 | T | C | 27.6% | 106.5 / 42.5 | 101 | T139T (ACT→ACC) | ytfT | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/15); new base C (18/10); total (76/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAG > minE/2894309‑2894428 | aTCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTg < 1:703348/69‑1 (MQ=255)aTCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTg < 1:2968300/69‑1 (MQ=255)aTCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTg < 1:1429151/69‑1 (MQ=255)aTCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTg < 1:1307858/69‑1 (MQ=255) tCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGa < 1:15934/69‑1 (MQ=255) tCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGa < 1:1343142/69‑1 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGAt > 1:2809845/1‑68 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:2559543/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:1940954/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:194477/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:2029030/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:2408367/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:2458476/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:3114796/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:3352451/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:136762/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:1475892/1‑69 (MQ=255) cTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATc > 1:431644/1‑69 (MQ=255) ggATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATg > 1:2875218/1‑69 (MQ=255) ggATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATg > 1:2128915/1‑69 (MQ=255) ggATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATg > 1:2329349/1‑69 (MQ=255) ttGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCt > 1:1603198/1‑62 (MQ=255) ttGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCt > 1:2330483/1‑62 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCTCTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:2424220/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCActc > 1:540216/1‑40 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGAt > 1:2130669/1‑44 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCg > 1:3120514/1‑58 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGt > 1:2447125/1‑68 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGt > 1:3060448/1‑68 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGt > 1:2123693/1‑68 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGt > 1:2774728/1‑68 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGt > 1:1214485/1‑68 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGt > 1:1668888/1‑68 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGt > 1:1687417/1‑68 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGt > 1:1240646/1‑68 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:380010/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:2623753/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:2727893/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:1594615/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:303006/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:1287098/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:3198611/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:3290562/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:1272466/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:3432840/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:1946625/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:387464/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:398663/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:559856/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:630188/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:838378/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:861477/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:896834/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:94844/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:968353/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:1937182/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:1927826/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:2155195/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:1657542/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:1756819/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:174364/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg > 1:1836168/1‑69 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg < 1:1692743/69‑1 (MQ=255) cTGGTAGCGATCCTCAAAAATCAGCCGTTTGGCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTg < 1:2849567/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:2308287/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:2283651/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:1806638/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:1828641/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:3004787/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:2986035/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:1018467/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:1592565/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:1592744/69‑1 (MQ=255) ggTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgc < 1:2096880/69‑1 (MQ=255) tAGCGATCCTCAAAATTCAGGCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcgc > 1:586660/1‑69 (MQ=255) tAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcgc > 1:674464/1‑69 (MQ=255) tAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcgc > 1:1225410/1‑69 (MQ=255) tAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcgc > 1:733930/1‑69 (MQ=255) tAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcgc > 1:891057/1‑69 (MQ=255) tAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACCCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGgcgc > 1:1953186/1‑69 (MQ=255) 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ATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAG > minE/2894309‑2894428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |