| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,894,506 | C→T | 17.7% | I183I (ATC→ATT) | ytfT → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,894,506 | 0 | C | T | 17.7% | 134.6 / 16.6 | 84 | I183I (ATC→ATT) | ytfT | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/46); new base T (5/10); total (28/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
CGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAA > minE/2894445‑2894572 | cGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTg > 1:2500665/1‑68 (MQ=255)cGCCGGATCTCTCATGATTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTg > 1:2455617/1‑68 (MQ=255)cGCCGGATCACTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTg > 1:1306351/1‑68 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:421600/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:1929905/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:2352518/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:1754086/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:2538234/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:2585263/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:1533991/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:150598/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:2839519/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:1264803/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:1142994/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:3309950/67‑1 (MQ=255) cGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 1:1053777/67‑1 (MQ=255) aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:280644/65‑1 (MQ=255) aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:2661138/65‑1 (MQ=255) aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:3049394/65‑1 (MQ=255) aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:1626581/65‑1 (MQ=255) aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:1665884/65‑1 (MQ=255) aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:38058/65‑1 (MQ=255) aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGATCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:2251222/65‑1 (MQ=255) ttCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:3292064/61‑1 (MQ=255) cGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:2360602/59‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTTTTGa < 1:3105829/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1943789/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:2644570/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:2189293/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1004222/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1924993/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1927566/69‑1 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGc > 1:2091284/1‑64 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:2135220/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:3057169/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:2394035/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:1182389/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:55289/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:1791033/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:2200752/1‑69 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:999054/1‑66 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:3264130/1‑66 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:973160/1‑66 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:2468155/1‑66 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:2535254/1‑66 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:3173211/67‑1 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:1042834/67‑1 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:1305921/67‑1 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:3048418/67‑1 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:297418/67‑1 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:648499/67‑1 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:1437075/67‑1 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:2393743/67‑1 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:2413636/67‑1 (MQ=255) cagTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:2559034/67‑1 (MQ=255) tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:2283910/69‑1 (MQ=255) tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:365593/69‑1 (MQ=255) tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:106812/69‑1 (MQ=255) tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:312308/69‑1 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGCCCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:216750/1‑68 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGttt > 1:981461/1‑67 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:602019/1‑68 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:1598641/1‑68 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:946414/1‑68 (MQ=255) tATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:257635/63‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGgcg > 1:3308291/1‑51 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:76234/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:767865/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:961444/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:2526805/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:933865/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:473196/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:3381945/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:3228444/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:3206856/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:2841999/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:2698200/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:1403559/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:1018051/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:589697/69‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:2204739/69‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:188896/69‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:1752371/69‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:1491227/69‑1 (MQ=255) | CGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAA > minE/2894445‑2894572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |