| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,894,522 | A→C | 26.6% | I189L (ATC→CTC) | ytfT → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,894,522 | 0 | A | C | 26.6% | 72.8 / 32.1 | 60 | I189L (ATC→CTC) | ytfT | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/24); new base C (5/11); total (25/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAA > minE/2894458‑2894572 | aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:1665884/65‑1 (MQ=255)aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:1626581/65‑1 (MQ=255)aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:3049394/65‑1 (MQ=255)aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:280644/65‑1 (MQ=255)aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:38058/65‑1 (MQ=255)aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:2661138/65‑1 (MQ=255)aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGATCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:2251222/65‑1 (MQ=255) ttCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:3292064/61‑1 (MQ=255) cGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa < 1:2360602/59‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTTTTGa < 1:3105829/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:2644570/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1004222/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1924993/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1927566/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:1943789/69‑1 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGa < 1:2189293/69‑1 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGc > 1:2091284/1‑64 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:1182389/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:2394035/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:2200752/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:55289/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:2135220/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:1791033/1‑69 (MQ=255) gttCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAAc > 1:3057169/1‑69 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:2535254/1‑66 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:2468155/1‑66 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:3264130/1‑66 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:999054/1‑66 (MQ=255) tCCTGCCAACGCCAGTCATTATTGCGGTGCTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCaaaa > 1:973160/1‑66 (MQ=255) 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tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:312308/69‑1 (MQ=255) tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:365593/69‑1 (MQ=255) tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:2283910/69‑1 (MQ=255) tCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa < 1:106812/69‑1 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGCCCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:216750/1‑68 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGttt > 1:981461/1‑67 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:1598641/1‑68 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:946414/1‑68 (MQ=255) cATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTa > 1:602019/1‑68 (MQ=255) tATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:257635/63‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGgcg > 1:3308291/1‑51 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:3206856/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:1018051/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:1403559/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:961444/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:933865/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:767865/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:76234/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:2526805/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:473196/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:2698200/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:2841999/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt < 1:3381945/62‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGtt > 1:3228444/1‑62 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:589697/69‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:2204739/69‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:188896/69‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:1752371/69‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGaa < 1:1491227/69‑1 (MQ=255) cTGACGCTTCTCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCACTGGGGATGt < 1:607974/52‑1 (MQ=39) | ATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAA > minE/2894458‑2894572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |