| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 250,366 | C→T | 23.7% | G304G (GGC→GGT) | proY → | predicted cryptic proline transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 250,366 | 0 | C | T | 23.7% | 150.5 / 35.2 | 113 | G304G (GGC→GGT) | proY | predicted cryptic proline transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/62); new base T (11/16); total (35/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAA > minE/250306‑250427 | cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:3005784/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:3359686/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1635383/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:751583/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1842531/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2678705/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1938408/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2947938/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1984688/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2047092/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2050104/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:309249/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:676547/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2999128/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:2265814/1‑69 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:2330091/1‑69 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:560182/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2366140/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2479862/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2986039/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:519647/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1377253/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2900010/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1169848/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2877380/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1104472/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:335905/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1378175/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1498290/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:1499010/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:2761076/69‑1 (MQ=255)cATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg < 1:928919/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1235696/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1872881/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:418088/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:2508668/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1152874/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1704743/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:2538267/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1439530/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:2779779/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1262630/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:382741/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1339805/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1818332/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:707749/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1386951/69‑1 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGt < 1:1981753/69‑1 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTATGCCg > 1:3129582/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:2858723/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:1952290/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:2528576/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:3350927/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:2198493/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:1875764/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:794013/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:794951/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:835610/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:121165/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:1196674/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:1170380/1‑65 (MQ=255) cTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCg > 1:3197365/1‑65 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:2193821/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:3354541/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:266624/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:239655/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:1417251/69‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGc < 1:114344/69‑1 (MQ=255) tggcGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:1780375/65‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:364392/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:526475/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:572431/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:98053/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:3322298/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:2551091/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:1836444/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:2223553/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:1581719/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:2531160/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:1532492/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:2929059/68‑1 (MQ=255) tGTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:3169123/68‑1 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCt > 1:1527362/1‑42 (MQ=38) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCAGGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:271504/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:91506/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:1581313/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:2532720/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:2996222/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:3037329/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:1755695/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 1:59332/1‑69 (MQ=255) gTCGGCAATTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgagc > 1:1317059/1‑69 (MQ=255) aTTAACAGTGACGTATTTGGTGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgc < 1:384367/60‑1 (MQ=255) aaCAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAAtt > 1:2507843/1‑69 (MQ=255) aaCAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAAtt > 1:2656967/1‑69 (MQ=255) aaCAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAAtt > 1:2756722/1‑69 (MQ=255) aaCAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAAt > 1:2212796/1‑68 (MQ=255) tATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCaaaa > 1:2331700/1‑69 (MQ=255) tATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCaaaa > 1:3226267/1‑69 (MQ=255) tATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCaaaa < 1:3174325/69‑1 (MQ=255) | CATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAA > minE/250306‑250427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |