| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,894,755 | G→A | 48.9% | A266A (GCG→GCA) | ytfT → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,894,755 | 0 | G | A | 48.9% | ‑3.1 / 38.4 | 45 | A266A (GCG→GCA) | ytfT | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/16); new base A (17/5); total (24/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGG > minE/2894692‑2894818 | ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGTggtggt < 1:437361/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCgttggt < 1:3001843/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:2558162/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:997555/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:581998/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:368106/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:3306235/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:2335640/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:2057490/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:198350/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:1081802/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:1231523/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:1572996/69‑1 (MQ=255)ggATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCAGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCggtggt < 1:1736058/69‑1 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAgtggtg > 1:1121707/1‑68 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:2815803/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:106766/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:977336/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:865822/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:794272/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:332549/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:3200264/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:3137143/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:1023118/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:2471152/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:2352204/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:1730366/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:2253770/1‑69 (MQ=255) atatTCGCGGTGCCGATGCCAACAATGCCGGATTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTTGCAGTGGTGa > 1:1910130/1‑69 (MQ=255) 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aTGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTaa < 1:2920490/69‑1 (MQ=255) aTGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTaa < 1:668065/69‑1 (MQ=255) ctggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:3365155/69‑1 (MQ=255) ctggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:2020629/69‑1 (MQ=255) ctggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:302599/69‑1 (MQ=255) ctggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:2943426/69‑1 (MQ=255) tggaCGCCATTCTTGCAGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTGCtt < 1:1772031/68‑1 (MQ=255) cGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCggt < 1:3249630/69‑1 (MQ=255) cGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCggt < 1:1820347/69‑1 (MQ=255) ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCttt > 1:524913/1‑45 (MQ=255) ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCttt > 1:2644203/1‑45 (MQ=255) ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCttt > 1:2369292/1‑45 (MQ=255) ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGgtggtgtg > 1:236154/1‑66 (MQ=255) ctcGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTgggg > 1:487790/1‑69 (MQ=255) | GGATATTCGCGGTGCCGATGCCAACAACGCTGGGTTATGGCTGGAGCTGGACGCCATTCTCGCGGTGGTGATTGGCGGCGGATCGCTGATGGGCGGGCGCTTTAACCTGCTACTTTCGGTGGTGGGG > minE/2894692‑2894818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |