| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,895,140 | A→C | 21.3% | S58S (TCA→TCC) | yjfF → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,895,140 | 0 | A | C | 21.3% | 160.3 / 43.1 | 103 | S58S (TCA→TCC) | yjfF | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/28); new base C (20/2); total (73/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGCGTGTTTCTGGCAAAAGTG > minE/2895074‑2895203 | cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:898776/1‑69 (MQ=255)cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:840158/1‑69 (MQ=255)cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:2153296/1‑69 (MQ=255)cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:1708038/1‑69 (MQ=255)cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:2396524/1‑69 (MQ=255)cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:2483080/1‑69 (MQ=255)cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:3270779/1‑69 (MQ=255)cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:275955/1‑69 (MQ=255)cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:3004107/1‑69 (MQ=255)cAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGAATGACCTTTGTGATCCTCTCAgg > 1:1802976/1‑69 (MQ=255) tCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTggg > 1:1847260/1‑68 (MQ=255) tCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGga > 1:809046/1‑69 (MQ=255) tCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGga > 1:145793/1‑69 (MQ=255) cTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCa > 1:94181/1‑60 (MQ=255) cTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGgatc > 1:108695/1‑69 (MQ=255) aTGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGgatcg > 1:3161431/1‑60 (MQ=255) aTGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGgatcg > 1:3292344/1‑60 (MQ=255) aTGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGgatcg > 1:2481399/1‑60 (MQ=255) aTGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGgatcg > 1:716398/1‑60 (MQ=255) aTGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGgatcg > 1:1624097/1‑60 (MQ=255) aTGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGgatcg > 1:2285727/1‑60 (MQ=255) aTGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGgatcg > 1:2231227/1‑60 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:2793879/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:2594798/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:2227826/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:776267/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:2165171/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:814386/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:2518183/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:1071894/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:115492/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:1886241/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:1365922/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:1667718/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:1655922/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcg > 1:1470889/1‑66 (MQ=255) ttCTTGGGATAATCGCCGTTGGCACGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcgg > 1:2492502/1‑67 (MQ=255) ttCTTGGGATAAACGCCGTTGGCGTGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGtcg > 1:2670013/1‑66 (MQ=255) tCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGtcggttc > 1:1330533/1‑69 (MQ=255) tCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGtcggttc > 1:2116005/1‑69 (MQ=255) tCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGtcggttc > 1:659338/1‑69 (MQ=255) tCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGtcggttc > 1:3323591/1‑69 (MQ=255) tCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGtcggtt > 1:1414307/1‑68 (MQ=255) ggATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:2794952/68‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:1439072/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:2950941/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:1540706/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:3430394/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:2034889/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:1032859/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:2927639/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:2904550/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:825319/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:1474618/67‑1 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGa > 1:3012364/1‑68 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGAt > 1:2933651/1‑69 (MQ=255) gATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGAt > 1:1801819/1‑69 (MQ=255) aTCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTg < 1:2903489/66‑1 (MQ=255) cATTGCCGTTGGCATGATCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGc > 1:3170935/1‑69 (MQ=255) cATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGc > 1:1423842/1‑69 (MQ=255) cATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGc > 1:1315407/1‑69 (MQ=255) cATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGc > 1:1628231/1‑69 (MQ=255) cATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGc > 1:2500755/1‑69 (MQ=255) atcgCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGc < 1:3296705/65‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGTTTCGGTGATCGcc > 1:2831372/1‑66 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:586141/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc > 1:3241701/1‑66 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:3336560/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:3430953/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:2762285/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:2138404/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc > 1:1996499/1‑66 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:1100454/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc > 1:1072835/1‑66 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:230404/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc > 1:3237748/1‑66 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc > 1:1508141/1‑66 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:1513218/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:157091/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:2960027/66‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGcc < 1:1548035/66‑1 (MQ=255) cGTTGGCATGACCTTTGGGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGc < 1:3274243/63‑1 (MQ=255) tGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTAccg > 1:1781222/1‑66 (MQ=255) tGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACCgg > 1:1897103/1‑69 (MQ=255) tGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACCgg > 1:2700357/1‑69 (MQ=255) tGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACCgg > 1:692916/1‑69 (MQ=255) ggCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTcc > 1:268014/1‑42 (MQ=255) ggCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGc > 1:401337/1‑69 (MQ=255) ggCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGc > 1:351170/1‑69 (MQ=255) ggCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGc > 1:2048113/1‑69 (MQ=255) ggCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGc > 1:3382647/1‑69 (MQ=255) ggCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGc > 1:2000552/1‑69 (MQ=255) ggCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGc > 1:82353/1‑69 (MQ=255) ggCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGc > 1:940183/1‑69 (MQ=255) aTGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGtcggttcggt > 1:2519838/1‑50 (MQ=255) aTGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCttt < 1:3011363/60‑1 (MQ=255) aTCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGCGTGTTTCTGGCaaa < 1:2307742/68‑1 (MQ=255) tCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGCGTGtt > 1:734241/1‑58 (MQ=255) ctctCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGCGTGTTTCTGGCAAAAGTg < 1:2063130/69‑1 (MQ=255) ctctCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGCGTGTTTCTGGCAAAAGTg < 1:3139710/69‑1 (MQ=255) | CAATATCCTGACCGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGGGATCGATCTCTCCGTCGGTTCGGTGATCGCCTTTACTGGCGTGTTTCTGGCAAAAGTG > minE/2895074‑2895203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |