| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,902,131 | A→G | 31.7% | N638N (AAT→AAC) | nrdD ← | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,902,131 | 0 | A | G | 31.7% | 53.1 / 32.2 | 66 | N638N (AAT→AAC) | nrdD | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/32); new base G (5/16); total (18/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GAAGCCTTTGCTGGTGCACTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAGCGCCTTC > minE/2902065‑2902191 | gAAGCCTTTGCTGGTGCACTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTAtt < 1:2082920/69‑1 (MQ=255)gAAGCCTTTGCTGGTGCACTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTAtt < 1:519974/69‑1 (MQ=255) cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:1147278/68‑1 (MQ=255) cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:2488360/68‑1 (MQ=255) cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:1694753/68‑1 (MQ=255) cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:1487634/68‑1 (MQ=255) cTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:425417/68‑1 (MQ=255) tCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTa < 1:2233331/67‑1 (MQ=255) aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:112824/69‑1 (MQ=255) aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:2474506/69‑1 (MQ=255) aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:2800466/69‑1 (MQ=255) aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:2963621/69‑1 (MQ=255) aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:3375602/69‑1 (MQ=255) aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:1261619/69‑1 (MQ=255) aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:797486/69‑1 (MQ=255) aCTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:866672/69‑1 (MQ=255) cTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCATTCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCt < 1:2065652/68‑1 (MQ=255) aaaGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTaa > 1:1808790/1‑46 (MQ=255) aaaGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTa > 1:749971/1‑69 (MQ=255) acacTCGTAGCATTCATCGATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCa > 1:2200114/1‑69 (MQ=255) cTCGTAGCATTCATCGATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACTGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGAc > 1:1180976/1‑69 (MQ=255) cTCGTAGCATTCATCGATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGAc > 1:3266682/1‑69 (MQ=255) cTCGTAGCATTCATCGATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCACAGAc > 1:286978/1‑69 (MQ=255) cTCGTAGCATTCATCGATCGGTCTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATa > 1:1370999/1‑54 (MQ=255) cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:3116715/1‑69 (MQ=255) cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:673303/1‑69 (MQ=255) cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:2741589/1‑69 (MQ=255) cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:2440940/1‑69 (MQ=255) cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:1869188/1‑69 (MQ=255) cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:1712631/1‑69 (MQ=255) cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:1508728/1‑69 (MQ=255) cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACAt > 1:1651057/1‑69 (MQ=255) cGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTCGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACa > 1:2368133/1‑68 (MQ=255) attcatcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:1325150/66‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:2057047/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:1132411/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:837597/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:782439/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:76121/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:73934/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:128656/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:603926/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:525983/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:212743/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:2365409/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:1027896/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:1811683/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:251452/65‑1 (MQ=255) catcgATCGGTGTGTTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTCATAGCTGTAATCCCAGACATCTTcc < 1:3319320/65‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCtat < 1:1202471/48‑3 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:3011441/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:860681/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1204112/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1889718/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:2497242/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:632263/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:2563801/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1498424/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:3288026/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:3256715/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1650756/48‑1 (MQ=255) catcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1662477/48‑1 (MQ=255) atcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAgcgc > 1:1497474/1‑69 (MQ=255) atcaATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAgcgc > 1:898768/1‑69 (MQ=255) tCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAACGCCTTc < 1:2850979/68‑1 (MQ=255) gtgtATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGt < 1:1943770/39‑1 (MQ=255) | GAAGCCTTTGCTGGTGCACTCGAACTCACCGGTAAAGCCACACTCGTAGCACTCATCAATCGGTGTATTGGTGCCGTAATACGGTACATGCTGATAGCTGTAATCCCAGACATCTTCCAGCGCCTTC > minE/2902065‑2902191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |