| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,912,718 | C→T | 26.3% | T38T (ACG→ACA) | pyrI ← | aspartate carbamoyltransferase, regulatory subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,912,718 | 0 | C | T | 26.3% | 163.1 / 52.9 | 136 | T38T (ACG→ACA) | pyrI | aspartate carbamoyltransferase, regulatory subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/38); new base T (26/10); total (88/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TTTGATCAGATCTTTGCGGCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTCAATTACCG > minE/2912652‑2912785 | tttGATCAGATCTTTGCGGCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGt < 1:223007/69‑1 (MQ=255)tttGATCAGATCTTTGCGGCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGt < 1:225609/69‑1 (MQ=255)tttGATCAGATCTTTGCGGCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGt < 1:84812/69‑1 (MQ=255)tttGATCAGATCTTTGCGGCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGt < 1:2321423/69‑1 (MQ=255)tttGATCAGATCTTTGCGGCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGt < 1:728133/69‑1 (MQ=255) tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:2774701/69‑1 (MQ=255) tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:3227784/69‑1 (MQ=255) tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:3261640/69‑1 (MQ=255) tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:1573265/69‑1 (MQ=255) tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:1454090/69‑1 (MQ=255) tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTCGa < 1:2003003/69‑1 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:419134/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:939461/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:1821480/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:174771/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:1263848/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:636946/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:3264821/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:1445808/1‑67 (MQ=255) cccATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGa < 1:6666/69‑1 (MQ=255) cccATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGa < 1:2718876/69‑1 (MQ=255) cccATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGa < 1:2677422/69‑1 (MQ=255) cccATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGa < 1:1167658/69‑1 (MQ=255) tcGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAAc > 1:1903414/1‑69 (MQ=255) gAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCa > 1:771223/1‑46 (MQ=255) gAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCa > 1:2944633/1‑46 (MQ=255) gAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCa > 1:2809161/1‑46 (MQ=255) gAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCa > 1:3344695/1‑46 (MQ=255) gAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCa > 1:920911/1‑46 (MQ=255) gAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCa > 1:2727509/1‑46 (MQ=255) gAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCa > 1:1552446/1‑46 (MQ=255) gAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCa > 1:1794066/1‑46 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:327097/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:2144660/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:1579988/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:533997/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:704642/69‑1 (MQ=255) tCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCt > 1:2123337/1‑69 (MQ=255) tCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCt > 1:2531420/1‑69 (MQ=255) cAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCg > 1:1965253/1‑68 (MQ=255) aaTGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCggg < 1:2291849/69‑1 (MQ=255) aaTGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCggg < 1:725191/69‑1 (MQ=255) tGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGa < 1:344064/69‑1 (MQ=255) tGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGa < 1:194469/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGat < 1:3066752/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGat < 1:2461027/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGat < 1:1371109/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGat < 1:2821531/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGat < 1:3247455/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGa < 1:1724136/68‑1 (MQ=255) gTGATGGGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:436783/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:527262/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:321063/50‑1 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:2917517/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:85736/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:1480116/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:3350121/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:1619716/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:2308952/50‑1 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:691038/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:703644/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:2273567/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:1687882/50‑1 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:741011/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:2363469/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:2624681/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:1139364/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:2514209/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaa > 1:642684/1‑49 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaa > 1:3424880/1‑49 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTa > 1:2886079/1‑48 (MQ=255) tGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:794451/49‑1 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:1474758/1‑68 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:1613878/1‑68 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:1297892/1‑68 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:321344/1‑68 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:2213044/1‑68 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:1021732/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:1033744/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:885455/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:2558283/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:789661/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:787531/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:1358834/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:3345209/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:2806056/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:1681765/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:691250/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:3076835/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:3186073/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTAGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:708630/1‑69 (MQ=255) cgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:1731656/1‑49 (MQ=255) cgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:2373617/1‑49 (MQ=255) cgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:1409137/1‑49 (MQ=255) cgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:873830/1‑49 (MQ=255) cgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:1099037/1‑49 (MQ=255) ccGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTCAAtt < 1:2646812/65‑1 (MQ=255) ccGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTCAAtt < 1:2848964/65‑1 (MQ=255) ccGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTCAAtt < 1:3127111/65‑1 (MQ=255) cGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTCAATTACCg > 1:2045226/1‑68 (MQ=255) | TTTGATCAGATCTTTGCGGCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTCAATTACCG > minE/2912652‑2912785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |