| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,912,729 | G→A | 15.7% | L35L (CTG→TTG) | pyrI ← | aspartate carbamoyltransferase, regulatory subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,912,729 | 0 | G | A | 15.7% | 229.9 / 23.5 | 132 | L35L (CTG→TTG) | pyrI | aspartate carbamoyltransferase, regulatory subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/48); new base A (11/10); total (74/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TGCGGCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTCAATTACCGTGCCGCGTTT > minE/2912666‑2912795 | tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:2774701/69‑1 (MQ=255)tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:2303896/69‑1 (MQ=255)tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:2532142/69‑1 (MQ=255)tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:3261640/69‑1 (MQ=255)tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:1454090/69‑1 (MQ=255)tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:686037/69‑1 (MQ=255)tGCGCCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTCGa < 1:2003003/69‑1 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:3328918/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:1821480/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:174771/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:221178/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:636946/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:939461/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:515541/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:419134/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:1263848/1‑67 (MQ=255) gcgcCCCATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTg > 1:1445808/1‑67 (MQ=255) cccATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGa < 1:2677422/69‑1 (MQ=255) cccATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGa < 1:2718876/69‑1 (MQ=255) cccATCTCGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGa < 1:6666/69‑1 (MQ=255) tcGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAAc > 1:1903414/1‑69 (MQ=255) tcGCCAGAAGGCAGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAAc > 1:2082578/1‑69 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCTGTTTCGGTCAACTTGa < 1:1896606/46‑1 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:914423/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:1579988/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:2144660/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:862969/69‑1 (MQ=255) aGGTTCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCg < 1:327097/69‑1 (MQ=255) tCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCt > 1:2123337/1‑69 (MQ=255) tCAGACCAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCt > 1:2874202/1‑69 (MQ=255) cAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCg > 1:1965253/1‑68 (MQ=255) cAATGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCg > 1:146575/1‑68 (MQ=255) aaTGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCggg < 1:725191/69‑1 (MQ=255) aaTGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCggg < 1:2291849/69‑1 (MQ=255) tGGTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGa < 1:344064/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGat < 1:2821531/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGat < 1:3247455/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGat < 1:1371109/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGat < 1:2461027/69‑1 (MQ=255) ggTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGa < 1:1724136/68‑1 (MQ=255) gTGATGGGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:436783/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:703644/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:2917517/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:527262/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:321063/50‑1 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:2624681/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:1480116/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:85736/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:1139364/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:2363469/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:2308952/50‑1 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:1170521/50‑1 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:1513632/50‑1 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa > 1:2514209/1‑50 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:721689/50‑1 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:1687882/50‑1 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaa > 1:3424880/1‑49 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaa > 1:642684/1‑49 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTa > 1:2886079/1‑48 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGata > 1:2820692/1‑69 (MQ=255) gTGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGata > 1:2403192/1‑69 (MQ=255) tGATGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTaaa < 1:794451/49‑1 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:1297892/1‑68 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:1613878/1‑68 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:2213044/1‑68 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:321344/1‑68 (MQ=255) tGCGCTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATgg > 1:3244954/1‑68 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:1596712/1‑50 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:789661/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:885455/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:787531/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:1033744/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:701021/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:691250/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:3345209/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:1021732/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:1358834/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:1681765/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:2558283/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:3076835/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:3078180/1‑69 (MQ=255) gcgcTGATCCGTTTAGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGATCTGGGCGGGGATATGGTc > 1:708630/1‑69 (MQ=255) cgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:1099037/1‑49 (MQ=255) cgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:2373617/1‑49 (MQ=255) cgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:1409137/1‑49 (MQ=255) cgcTGATCCGTTTCGGTCAGCTTGAACAGACTCAACAGCTTAAAACCGa > 1:1731656/1‑49 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |