| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,913,681 | T→C | 12.8% | A33A (GCA→GCG) | pyrB ← | aspartate carbamoyltransferase, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,913,681 | 0 | T | C | 12.8% | 154.2 / 9.5 | 85 | A33A (GCA→GCG) | pyrB | aspartate carbamoyltransferase, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/18); new base C (9/2); total (65/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGGTAGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGTTTATGGAAAT > minE/2913616‑2913749 | cgggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTgg > 1:3255130/1‑67 (MQ=255)cgggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGc > 1:3087828/1‑68 (MQ=255)cgggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCt > 1:1920922/1‑69 (MQ=255)cgggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCt > 1:1619924/1‑69 (MQ=255)cgggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCt > 1:3160292/1‑69 (MQ=255)cgggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCt > 1:326050/1‑69 (MQ=255)cgggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCt > 1:90907/1‑69 (MQ=255) ggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCt > 1:50317/1‑67 (MQ=255) ggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCt > 1:364419/1‑67 (MQ=255) ggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCt > 1:508639/1‑67 (MQ=255) ggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCt > 1:2661647/1‑67 (MQ=255) ggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATAACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTCGCttt < 1:263083/69‑1 (MQ=255) ggtaGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATAACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTCGCttt < 1:3185589/69‑1 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTTTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTcgc > 1:2367021/1‑69 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTGAGTTTcgc > 1:3104905/1‑69 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTcgc > 1:154960/1‑69 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTcgc > 1:992517/1‑69 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTcgc > 1:3142282/1‑69 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTcgc > 1:2976252/1‑69 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTcgc > 1:3391129/1‑69 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTcgc > 1:2261997/1‑69 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTcgc > 1:2052422/1‑69 (MQ=255) ttCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTcgc > 1:574689/1‑69 (MQ=255) aCAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTc > 1:3382947/1‑67 (MQ=255) aCAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTc > 1:970388/1‑67 (MQ=255) aCAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTc > 1:1081100/1‑67 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGGACCAGa > 1:3035969/1‑67 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCAcc > 1:1003272/1‑64 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAg > 1:2457481/1‑66 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAg > 1:1425588/1‑66 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGa > 1:1879805/1‑67 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGa > 1:2551201/1‑67 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGa > 1:2300239/1‑67 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGa > 1:2869190/1‑67 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGa > 1:1386120/1‑67 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGa > 1:2049231/1‑67 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGa > 1:1790614/1‑67 (MQ=255) gACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGa > 1:1869569/1‑67 (MQ=255) aCTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTa > 1:2311539/1‑69 (MQ=255) tttGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAg < 1:1325623/69‑1 (MQ=255) tttGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAg < 1:1161993/69‑1 (MQ=255) tttGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAg < 1:1110992/69‑1 (MQ=255) tgtgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt > 1:2890633/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt > 1:784512/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt > 1:2987337/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt > 1:1025767/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt > 1:1965113/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt > 1:201499/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt > 1:1668285/1‑69 (MQ=255) tgtgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt > 1:1533197/1‑69 (MQ=255) tgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt < 1:3044769/67‑1 (MQ=255) tgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt < 1:85797/67‑1 (MQ=255) tgCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt < 1:2356722/67‑1 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:1484554/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:1663057/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:157454/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:1513329/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:2503963/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:52501/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:723890/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:889239/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:935189/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:971392/1‑64 (MQ=255) gCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATcgcg > 1:275237/1‑64 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:2756280/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:64644/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:392115/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:1496361/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:2585847/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:1529566/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:2435304/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:1588345/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:2909059/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:2476525/68‑1 (MQ=255) tGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGtt < 1:3008920/68‑1 (MQ=255) gTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGt < 1:272004/44‑1 (MQ=255) gTTCGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAg > 1:106957/1‑57 (MQ=255) gTTCGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAg > 1:2518208/1‑57 (MQ=255) gTTCGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAg > 1:1102204/1‑57 (MQ=255) gTTCGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAg > 1:2414746/1‑57 (MQ=255) gTTCGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAg > 1:1242802/1‑57 (MQ=255) gTTCGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAg > 1:1831977/1‑57 (MQ=255) gTTCGCTTTCAGTTTCGACGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTaa > 1:803976/1‑56 (MQ=255) gTTCGCTTTCAGTTTCGACGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAg > 1:2300214/1‑57 (MQ=255) gTTCGCTTTCAGTTTCGACGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAg > 1:2102045/1‑57 (MQ=255) tGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTaa > 1:1561627/1‑53 (MQ=255) tGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGTTTATGGAAAt > 1:2653631/1‑69 (MQ=255) tGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGTTTATGGAAAt > 1:137392/1‑69 (MQ=255) tGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGTTTATGGAAAt > 1:3399552/1‑69 (MQ=255) tGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGTTTATGGAAAt > 1:1184117/1‑69 (MQ=255) tGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGTTTATGGAAAt > 1:2257086/1‑69 (MQ=255) tGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAACGTCGTTTATGGAAAt < 1:1234330/69‑1 (MQ=255) | CGGGTAGAGGCTTCGAAGAAACAGCTGGCAATGACTTTGTGCTTCAACAGCTCTGGTTGCGGGTTTGCTTTCAGTTTCGCCGCTGTCGCCAGCACCAGATTAAGGTCATCGCGACTAAGGTCGTTTATGGAAAT > minE/2913616‑2913749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |