| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,920,691 | T→A | 24.3% | I77I (ATA→ATT) | yjgM ← | predicted acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,920,691 | 0 | T | A | 24.3% | 109.0 / 33.8 | 70 | I77I (ATA→ATT) | yjgM | predicted acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/27); new base A (11/6); total (37/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
GATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACGACCCAATATGCATGGCC > minE/2920625‑2920747 | gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:947671/69‑1 (MQ=255)gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:819613/69‑1 (MQ=255)gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:760194/69‑1 (MQ=255)gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:331498/69‑1 (MQ=255)gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:288985/69‑1 (MQ=255)gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:1403872/69‑1 (MQ=255)gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:2839765/69‑1 (MQ=255)gATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTAt < 1:220283/69‑1 (MQ=255) tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:1130603/69‑1 (MQ=255) tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:3325680/69‑1 (MQ=255) tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:249736/69‑1 (MQ=255) tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:2154955/69‑1 (MQ=255) tAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc < 1:1613686/69‑1 (MQ=255) aGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATccc < 1:2616847/69‑1 (MQ=255) aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:832718/69‑1 (MQ=255) aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:77863/69‑1 (MQ=255) aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:2912978/69‑1 (MQ=255) aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:457397/69‑1 (MQ=255) aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgcc < 1:1289418/69‑1 (MQ=255) aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgcc < 1:2296839/69‑1 (MQ=255) aaaaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGGTAATGGCGCTATCCCAccgccgcc < 1:1932054/69‑1 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATcc > 1:2112335/1‑57 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCCccgccgccg > 1:505772/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1830377/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:563402/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:595937/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:62093/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2894454/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1310853/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2879263/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1131162/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2605216/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2277087/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:2134821/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1950173/1‑68 (MQ=255) aaTACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCAccgccgccg > 1:1716688/1‑68 (MQ=255) cATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCAc > 1:3134187/1‑69 (MQ=255) ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:2174066/1‑69 (MQ=255) ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:787017/1‑69 (MQ=255) ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:1225261/1‑69 (MQ=255) ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:2438028/1‑69 (MQ=255) ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:1472643/1‑69 (MQ=255) ttttGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCa > 1:2637134/1‑69 (MQ=255) gCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCAca < 1:262911/67‑2 (MQ=255) cGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTAc > 1:313215/1‑68 (MQ=255) cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:2421602/68‑1 (MQ=255) cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:2247263/68‑1 (MQ=255) cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:83786/68‑1 (MQ=255) cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:3056499/68‑1 (MQ=255) cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:3213282/68‑1 (MQ=255) cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:476781/68‑1 (MQ=255) cAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTc < 1:289213/68‑1 (MQ=255) aaaTGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:237189/46‑1 (MQ=37) aaaTGTCTGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCAATCCCAccgccgcc < 1:3430952/46‑1 (MQ=37) actcactcCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACGACCCaa < 1:3270510/68‑1 (MQ=255) ccGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAAc > 1:528796/1‑53 (MQ=255) ccGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAAc > 1:1475872/1‑53 (MQ=255) ccGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTACACCCTCGTACTCAAc > 1:566153/1‑53 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:1022888/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:1188519/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2571532/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:887168/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:1575114/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2358961/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:338165/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:3035355/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2529219/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2739557/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGGCGCAATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACCACCCAATATGCGTGGcc > 1:2538009/1‑69 (MQ=255) cTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACGACCCaa < 1:2921766/47‑1 (MQ=255) | GATAGCCGGAAGAAAATACATCTTTTGCAGTTCGCAAATATCCGACTCACTCCCGGTTAATGGCGCTATCCCACCGCCGCCGACCACTTCACCCTCGTACTCAACGACCCAATATGCATGGCC > minE/2920625‑2920747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |