| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,950,748 | G→A | 52.7% | R82Q (CGG→CAG) | bglJ → | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,950,748 | 0 | G | A | 52.7% | 0.3 / 64.8 | 74 | R82Q (CGG→CAG) | bglJ | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/15); new base A (21/18); total (41/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
TGAACTGGCGATTAAGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAC > minE/2950683‑2950805 | tgaACTGGCGATTAAGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCt < 1:1577223/69‑1 (MQ=255) cTGGCGATTAAGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCgg > 1:407695/1‑63 (MQ=255) cTGGCGATTAAGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGAtt > 1:2778173/1‑69 (MQ=255) cTGGCGATTAAGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGAtt > 1:1179409/1‑69 (MQ=255) cTGGCGATTAAGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGAtt > 1:3329998/1‑69 (MQ=255) ggCGATTAAGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTg > 1:456586/1‑68 (MQ=255) gATTAAGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTc < 1:1653203/69‑1 (MQ=255) tAAGTTTCCGCGTACCCGGAGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTc < 1:794202/66‑1 (MQ=255) aaGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCt < 1:645576/56‑1 (MQ=255) ttCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGc < 1:833862/69‑1 (MQ=255) ttCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGc < 1:1837197/69‑1 (MQ=255) tCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGc > 1:2295433/1‑68 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:3320712/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:3316659/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:3208869/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:3198928/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:3097719/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:2910461/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:2875059/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:63657/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:1056920/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:2255361/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:1822947/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:19104/1‑69 (MQ=255) tAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGATGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGgtg > 1:109736/1‑69 (MQ=255) aTTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCa < 1:461389/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCa < 1:3157470/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCa < 1:3161576/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCa > 1:1685162/1‑39 (MQ=255) aTTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCa < 1:1662340/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCa > 1:2699160/1‑39 (MQ=255) aTTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCa < 1:505083/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCa < 1:679039/39‑1 (MQ=255) aTTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACgg < 1:1913198/62‑1 (MQ=255) gatgatATTTAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:1577337/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:1373399/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:9497/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:1421975/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:1123038/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:388197/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:1500463/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:1685148/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:1008123/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:869393/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:1950424/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:186132/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:2629564/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:2620/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:2796940/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:2905063/69‑1 (MQ=255) gatgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:2040184/69‑1 (MQ=255) atgatATTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCg < 1:38819/68‑1 (MQ=255) gatATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTc < 1:846994/68‑1 (MQ=255) gatATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTc < 1:417592/68‑1 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCaa > 1:2499390/1‑68 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2275695/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2275804/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:1473002/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2408085/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:568338/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2576420/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:906288/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2029084/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:3043872/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:402797/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2731467/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:3378321/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:3356475/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2880955/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:1725236/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2987293/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:3102513/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:1721227/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATAACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2182247/1‑69 (MQ=255) tatTGAAGCTCAGCTGATTGGTTCATAGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAc > 1:2789836/1‑69 (MQ=255) | TGAACTGGCGATTAAGTTTCCGCGTACCCGGCGTTTAGTTATTGCGGATGATGATATTGAAGCTCGGCTGATTGGTTCATTGTCGCCATCACCGCTGGACGGTGTATTAAGTAAAGCGTCAAC > minE/2950683‑2950805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |