| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,956,162 | G→A | 59.2% | E153E (GAG→GAA) | prfC → | peptide chain release factor RF‑3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,956,162 | 0 | G | A | 59.2% | 47.9 / 91.4 | 125 | E153E (GAG→GAA) | prfC | peptide chain release factor RF‑3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/10); new base A (50/24); total (91/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTGG > minE/2956098‑2956216 | tGCGCGACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAgctgc > 1:2325312/1‑69 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:1438270/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:2049366/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:180290/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:210960/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:2164001/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:2172805/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:348522/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:3417336/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:2277480/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:558473/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:2373902/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:241642/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:2492902/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:2593257/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:1303186/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:3213859/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:2729726/1‑68 (MQ=255) cgACACGCCGATCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCg > 1:905105/1‑68 (MQ=255) 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aTCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:2363790/69‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:165021/69‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:1808727/69‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:3406171/69‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:1710838/69‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:406449/69‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:3313701/69‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:475584/69‑1 (MQ=255) ccTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTgaga > 1:2449340/1‑68 (MQ=255) ccTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTgaga > 1:2861569/1‑68 (MQ=255) ccTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTgaga > 1:3280861/1‑68 (MQ=255) ccTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTgaga > 1:2749038/1‑68 (MQ=255) cTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:393032/66‑1 (MQ=255) cTCACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:2525115/66‑1 (MQ=255) cACCTTTATGAACATACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGa > 1:3163758/1‑69 (MQ=255) cACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGa > 1:1273817/1‑69 (MQ=255) cACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGa > 1:1787222/1‑69 (MQ=255) cACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGa > 1:35476/1‑69 (MQ=255) cACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGa > 1:286468/1‑69 (MQ=255) cACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGa > 1:1794564/1‑69 (MQ=255) cACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGa > 1:2973510/1‑69 (MQ=255) cACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGa > 1:697292/1‑69 (MQ=255) cACCTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGa > 1:693712/1‑69 (MQ=255) cACCTTTATGAACAAACTTGACAGAGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGa > 1:2953552/1‑54 (MQ=255) ccTTTATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTgag < 1:3090997/62‑1 (MQ=255) tttATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCt > 1:2202038/1‑68 (MQ=255) tttATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCt > 1:2786965/1‑68 (MQ=255) tttATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCt > 1:821044/1‑68 (MQ=255) tttATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCt > 1:1683390/1‑68 (MQ=255) ttATGAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTg > 1:2688263/1‑68 (MQ=255) gAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAAt > 1:651283/1‑69 (MQ=255) gAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAAt > 1:822087/1‑69 (MQ=255) gAACAAACTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAAt > 1:3426439/1‑69 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:1410977/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:1596091/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:1752510/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:834777/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:1957584/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:2143746/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:2258769/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:841223/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:3355429/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:2361131/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:257002/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:121876/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:2753484/1‑39 (MQ=255) aaaCTTGACCGTGATATCCGCGACCCGATGGAACTGCTc > 1:2831452/1‑39 (MQ=255) cgcgACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGAt > 1:2249635/1‑62 (MQ=255) cgcgACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTgg > 1:1038206/1‑69 (MQ=255) cgcgACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTgg > 1:2904385/1‑69 (MQ=255) cgcgACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTgg > 1:1282770/1‑69 (MQ=255) cgcgACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTgg > 1:727404/1‑69 (MQ=255) cgcgACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTgg > 1:1017378/1‑69 (MQ=255) cgcgACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTgg > 1:1473138/1‑69 (MQ=255) cgcgACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTgg > 1:622200/1‑69 (MQ=255) cgcgACCCGATGGAGCTGCTCGATGAAGTTGAGAACGAGCTGAAAATCGGCTGTGCGCCGATCACCTgg > 1:450544/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |