BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	2,972,735	G→C	27.3%	S178S (TCG→TCC)	radA →	predicted repair protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,972,735	0	G	C	27.3%	217.3 / 88.9	151	S178S (TCG→TCC)	radA	predicted repair protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/80); new base C (23/18); total (52/99)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 151 total aligned reads displayed.

AGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCA  >  minE/2972673‑2972788

aGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAg                                                 <  1:1783893/69‑1 (MQ=255)

aGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAg                                                 <  1:1680411/69‑1 (MQ=255)

aGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAg                                                 <  1:2004327/69‑1 (MQ=255)

   aTCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGAT‑GTAATTGACTCGATCCAGGTGa                                             <  1:2680333/69‑1 (MQ=255)

    tCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa                                             <  1:3111433/69‑1 (MQ=255)

    tCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa                                             <  1:2822190/69‑1 (MQ=255)

    tCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa                                             <  1:1882443/69‑1 (MQ=255)

     cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa                                             <  1:2614287/68‑1 (MQ=255)

     cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa                                             <  1:2501066/68‑1 (MQ=255)

     cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa                                             <  1:3422248/68‑1 (MQ=255)

     cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa                                             <  1:2846861/68‑1 (MQ=255)

     cGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGa                                             <  1:3240278/68‑1 (MQ=255)

      gAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATg                                           >  1:3334438/1‑69 (MQ=255)

        aCAGTTCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa                                         <  1:1464576/69‑1 (MQ=255)

        aCAGTTCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa                                         <  1:1869687/69‑1 (MQ=255)

        aCAGTTCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa                                         <  1:1735609/69‑1 (MQ=255)

        aCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa                                         <  1:1958764/69‑1 (MQ=255)

        aCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa                                         <  1:1926414/69‑1 (MQ=255)

        aCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa                                         <  1:2832175/69‑1 (MQ=255)

        aCAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa                                         <  1:694009/69‑1 (MQ=255)

         cAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAtgtg                                              <  1:661362/63‑1 (MQ=255)

         cAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa                                         <  1:1409246/68‑1 (MQ=255)

           gATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCatat                                      >  1:630305/1‑69 (MQ=255)

           gATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCatat                                      >  1:1729965/1‑69 (MQ=255)

               tGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCg                                  >  1:3392206/1‑69 (MQ=255)

               tGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCg                                  >  1:2397582/1‑69 (MQ=255)

               tGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCg                                  >  1:2961976/1‑69 (MQ=255)

               tGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCg                                  >  1:2725223/1‑69 (MQ=255)

                      ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc                           >  1:1715881/1‑69 (MQ=255)

                      ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc                           >  1:101601/1‑69 (MQ=255)

                      ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc                           >  1:3040353/1‑69 (MQ=255)

                      ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc                           >  1:1327104/1‑69 (MQ=255)

                      ttGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTAc                           >  1:956180/1‑69 (MQ=255)

                       tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa                            <  1:1904340/67‑1 (MQ=255)

                       tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa                            <  1:1246203/67‑1 (MQ=255)

                       tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa                            <  1:2590943/67‑1 (MQ=255)

                       tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa                            <  1:2010715/67‑1 (MQ=255)

                       tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa                            <  1:1493379/67‑1 (MQ=255)

                       tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa                            <  1:3241394/67‑1 (MQ=255)

                       tGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTa                            <  1:2467008/67‑1 (MQ=255)

                          cGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTg                                              <  1:1846131/46‑1 (MQ=255)

                            aagaagAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCAt                     <  1:2661909/69‑1 (MQ=255)

                            aagaagAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCAt                     <  1:153567/69‑1 (MQ=255)

                            aagaagAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCAt                     <  1:3303297/69‑1 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        >  1:3194849/1‑49 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCa                      >  1:3339548/1‑67 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:498252/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:1005100/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:2855864/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:411984/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:39713/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:2930536/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:3190467/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:2489954/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:103730/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:1212561/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:2170703/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:214157/1‑69 (MQ=255)

                             agaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATc                    >  1:1340529/1‑69 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:207703/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:1663112/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:3272972/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:3305064/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:1376792/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:3043716/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:1902187/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:3360693/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:2752032/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:2275336/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:553869/48‑1 (MQ=255)

                              gaagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATCCat                                        <  1:3270047/48‑1 (MQ=39)

                               aagaGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCCATCCAGGTGATGCat                                        <  1:1711937/47‑1 (MQ=255)

                                agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGAt                               >  1:1829498/1‑55 (MQ=255)

                                agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc                 >  1:2558544/1‑69 (MQ=255)

                                agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc                 >  1:820656/1‑69 (MQ=255)

                                agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc                 >  1:8314/1‑69 (MQ=255)

                                agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc                 >  1:341123/1‑69 (MQ=255)

                                agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc                 >  1:111532/1‑69 (MQ=255)

                                agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc                 >  1:111483/1‑69 (MQ=255)

                                agagCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGcc                 >  1:710243/1‑69 (MQ=255)

                                      aCCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCa                                         <  1:1644839/39‑1 (MQ=255)

                                       ccGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGc          <  1:1865270/69‑1 (MQ=255)

                                       ccGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGc          <  1:2056872/69‑1 (MQ=255)

                                       ccGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGCATGTACAGTCATCGCCTGGTAGc          <  1:496947/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:519067/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:80769/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:995726/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:3158126/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:2596394/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:2462534/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:2408409/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:2204774/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:1754472/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:1632063/69‑1 (MQ=255)

                                               gATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:1010133/69‑1 (MQ=255)

                                                aTGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGTCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:1209473/68‑1 (MQ=255)

                                                aTGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:2648806/68‑1 (MQ=255)

                                                aTGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:2297101/68‑1 (MQ=255)

                                                  ggTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCa  <  1:871295/66‑1 (MQ=255)

                                                       ttGACTCGATGCAGGTGTTGCATATGGCGGATGtt                            <  1:979614/35‑2 (MQ=37)

AGCATCGAACAGATCTGCCTGATTGCCGAAGAAGAGCAACCGAAGCTGATGGTAATTGACTCGATCCAGGTGATGCATATGGCGGATGTACAGTCATCGCCTGGTAGCGTGGCGCA  >  minE/2972673‑2972788

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`