| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,978,639 | C→T | 33.2% | P539P (CCC→CCT) | slt → | lytic murein transglycosylase, soluble |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,978,639 | 0 | C | T | 33.2% | 67.9 / 43.4 | 84 | P539P (CCC→CCT) | slt | lytic murein transglycosylase, soluble |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/34); new base T (21/7); total (43/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
GCCAGCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACATTGGCACCAGTTACC > minE/2978574‑2978703 | gCCAGCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCg > 1:2794197/1‑67 (MQ=255)gCCAGCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGt > 1:1015336/1‑69 (MQ=255)gCCAGCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGt < 1:1637539/69‑1 (MQ=255)gCCAGCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGt > 1:1381408/1‑69 (MQ=255)gCCAGCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGt > 1:2585391/1‑69 (MQ=255)gCCAGCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGt < 1:848615/69‑1 (MQ=255) gCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTtata < 1:2883903/69‑1 (MQ=255) gCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTtata < 1:2111738/69‑1 (MQ=255) gCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTtata < 1:1209894/69‑1 (MQ=255) gCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTtata < 1:2407622/69‑1 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:3404797/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:2721923/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:2399396/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:3396002/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:521690/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:3265300/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:2640317/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:3105631/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:627548/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:2858394/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:2647734/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:1849184/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:1543601/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:106198/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:1103687/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:1138020/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:2934989/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:1229020/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:1401669/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTtat > 1:1435590/1‑61 (MQ=255) gATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTta > 1:828931/1‑60 (MQ=255) ttATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAAt > 1:1683764/1‑69 (MQ=255) tATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAAtt > 1:208844/1‑69 (MQ=255) tATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAAtt > 1:897030/1‑69 (MQ=255) cTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTgg > 1:777849/1‑69 (MQ=255) cTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTgg > 1:196865/1‑69 (MQ=255) cTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTgg > 1:915417/1‑69 (MQ=255) cTGGTACAGCGACACATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTgg > 1:1037098/1‑69 (MQ=255) gCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGaa > 1:279172/1‑69 (MQ=255) gCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGaa > 1:1068788/1‑69 (MQ=255) aCCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTTATAGCAGCCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACg < 1:3256169/69‑1 (MQ=255) aCCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTTATAGCAGCCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACg < 1:3271710/69‑1 (MQ=255) aCCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTTATAGCAGCCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACg < 1:2947844/69‑1 (MQ=255) aCCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTTATAGCAGCCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACg < 1:2483319/69‑1 (MQ=255) aCCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTTATAGCAGCCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACg < 1:472657/69‑1 (MQ=255) aCCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTTATAGCAGCCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACg < 1:703382/69‑1 (MQ=255) ccATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGaa > 1:3291731/1‑69 (MQ=255) cATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCTGGTTATAGCAGCCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACg < 1:2611797/66‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:3345955/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:61981/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:848700/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:883549/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:1035659/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:1469360/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:2078204/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:2321685/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:1298607/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:2610297/69‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTCGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATc < 1:92754/69‑1 (MQ=255) cGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGa > 1:3430971/1‑58 (MQ=255) cGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGa > 1:45346/1‑58 (MQ=255) cGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGa > 1:2854529/1‑58 (MQ=255) cGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGa > 1:614060/1‑58 (MQ=255) gAAGATTTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGaa < 1:1211625/60‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGaa < 1:1139944/60‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGaa < 1:2527046/60‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGaa < 1:1335733/60‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGaa < 1:817294/60‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGaa < 1:1976469/60‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACAt < 1:111753/69‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACAt < 1:1080303/69‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACAt < 1:916158/69‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACAt < 1:792639/69‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACAt < 1:594540/69‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACAt < 1:188816/69‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACAt < 1:2423104/69‑1 (MQ=255) gAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACAt < 1:2774655/69‑1 (MQ=255) gTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGaa < 1:495375/54‑1 (MQ=255) ttCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACATTGGCACCAGtt < 1:2142989/66‑1 (MQ=255) ttCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACATTGGCACCAGtt < 1:2782427/66‑1 (MQ=255) ttCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACATTGGCACCAGTTAcc > 1:252738/1‑69 (MQ=255) ttCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACATTGGCACCAGTTAcc > 1:3283744/1‑69 (MQ=255) ttCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACATTGGCACCAGTTAcc > 1:3265246/1‑69 (MQ=255) ttCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACATTGGCACCAGTTAcc > 1:2818922/1‑69 (MQ=255) | GCCAGCGGCTTGATGCAGATTATGCCTGGTACAGCGACCCATACGGTGAAGATGTTCTCTATTCCCGGTTATAGCAGTCCTGGGCAATTGCTGGATCCGGAAACGAATATCAACATTGGCACCAGTTACC > minE/2978574‑2978703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |