| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,987,558 | G→T | 51.1% | A109A (GCG→GCT) | yjtD → | predicted rRNA methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,987,558 | 0 | G | T | 51.1% | 1.7 / 116.7 | 92 | A109A (GCG→GCT) | yjtD | predicted rRNA methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/37); new base T (31/16); total (39/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
CCACGCCAGTTGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCT > minE/2987497‑2987620 | ccacgccaGTTGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGgtgt < 1:1244465/69‑1 (MQ=255)ccacgacaGTTGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGgtgt < 1:2018228/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:1034394/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:2498310/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:1378368/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:1357526/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:2996950/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:3279533/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:577014/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:8510/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:900611/69‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcgcg < 1:980925/69‑1 (MQ=255) tGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTcg > 1:85001/1‑66 (MQ=255) gAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGaa < 1:1510056/69‑1 (MQ=255) gAACTGGTCCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGaa < 1:2549441/69‑1 (MQ=255) aaCTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGaa < 1:655987/68‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTcc > 1:45135/1‑69 (MQ=255) gTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTcc > 1:24341/1‑69 (MQ=255) gTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTcc > 1:1040964/1‑69 (MQ=255) gTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTcc > 1:1866170/1‑69 (MQ=255) gTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTcc > 1:1483282/1‑69 (MQ=255) gTGCCGATGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTcc > 1:2417275/1‑69 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:1588016/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:93657/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:806843/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:534296/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:482367/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:3308361/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:1304566/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:3253177/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:3224501/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:2954895/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:2950977/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:2741294/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:2285809/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:2216709/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCgggct < 1:1755826/69‑3 (MQ=255) gCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCAgggct < 1:2168110/69‑3 (MQ=255) gAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGaa < 1:2598790/69‑1 (MQ=255) aaaaTCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAaga > 1:1616511/1‑69 (MQ=255) aTCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGtt < 1:1299436/69‑1 (MQ=255) aTCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGtt < 1:1120735/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1587947/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:3028804/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:24930/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:60312/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1113752/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:156135/69‑1 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCTCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:473801/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTcc > 1:2040433/1‑41 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGa > 1:2359022/1‑55 (MQ=39) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGtt > 1:2515251/1‑67 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:3419291/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:3310402/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1575272/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1751728/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2219971/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:540249/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1211632/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:843844/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:862664/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:895218/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1103186/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1053707/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2187850/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:239678/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1500919/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:299393/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2020811/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2535906/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1979850/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2538708/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2615590/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:1952301/1‑68 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:277077/1‑68 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:1695163/1‑68 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:3030242/1‑68 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:3328659/1‑68 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGT‑‑CGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCt > 1:972652/1‑69 (MQ=255) ccATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:581282/69‑1 (MQ=255) ccATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:133333/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGtt < 1:1456431/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGtt < 1:2987018/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGtt < 1:2692261/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGtt < 1:2744418/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:2951498/68‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:642636/68‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCAAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:1661095/68‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCt < 1:1999703/69‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCt < 1:2458096/69‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCt < 1:1296729/69‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCt < 1:3125710/69‑1 (MQ=255) | CCACGCCAGTTGAACTGGTGCCGCTGTTAGAGGAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCT > minE/2987497‑2987620 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |