| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,987,586 | T→C | 52.1% | L119L (TTG→CTG) | yjtD → | predicted rRNA methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,987,586 | 0 | T | C | 52.1% | 9.2 / 85.1 | 100 | L119L (TTG→CTG) | yjtD | predicted rRNA methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/45); new base C (30/22); total (33/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGATGGTGGCGGATTATCCTTCG > minE/2987529‑2987654 | gAAAAATCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGaa < 1:2598790/69‑1 (MQ=255) aaaaTCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAaga > 1:1616511/1‑69 (MQ=255) aTCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGtt < 1:1120735/69‑1 (MQ=255) aTCTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGtt < 1:1299436/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:24930/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1113752/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:3028804/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1587947/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:60312/69‑1 (MQ=255) cTTCATGGATGAGCCATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:156135/69‑1 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCTCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:473801/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGa > 1:2359022/1‑55 (MQ=39) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGtt > 1:2515251/1‑67 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2538708/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2187850/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2020811/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1103186/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:3419291/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1979850/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2535906/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1751728/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1053707/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1211632/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:895218/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:239678/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1500919/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:2219971/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:299393/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:843844/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:862664/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:1575272/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTgg > 1:3310402/1‑69 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:3030242/1‑68 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:1952301/1‑68 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:1695163/1‑68 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:3328659/1‑68 (MQ=255) ggATGAGCCATGCCGCTCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTg > 1:277077/1‑68 (MQ=255) ccATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:133333/69‑1 (MQ=255) ccATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:581282/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGtt < 1:1456431/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGtt < 1:2987018/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGtt < 1:2692261/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGtt < 1:2744418/69‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:2951498/68‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:642636/68‑1 (MQ=255) cATGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCAAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGt < 1:1661095/68‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCt < 1:1296729/69‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCt < 1:2458096/69‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCt < 1:3125710/69‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTGGTGTTTGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCt < 1:1999703/69‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCt < 1:2398597/56‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCg > 1:2387792/1‑69 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:908385/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:3217322/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:771174/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:723220/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:708657/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:581402/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:491871/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:470416/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:461494/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:3427699/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:3264120/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:315490/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1545514/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1570652/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1712921/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1758885/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1471125/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:2480372/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1931487/40‑1 (MQ=255) tttGGTCGCGAAGATTCCGGGCTGACTAACGAAGAGTTAg < 1:1450865/40‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGa < 1:1983663/68‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGa < 1:1676939/68‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGa < 1:2088875/68‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGa < 1:2366392/68‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGa < 1:2494860/68‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGa < 1:694858/68‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGa < 1:2880674/68‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGAt < 1:1412996/69‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGAt < 1:2396076/69‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGAt > 1:368031/1‑69 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGAt < 1:434171/69‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGAt < 1:1362105/69‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGAt < 1:1325796/69‑1 (MQ=255) tGGTCGCGAAGATTCCGGGTTGACTAACGAAGAGTTAGCGTTGGCTGACGTTCTTACTGGTGTGCCGAt < 1:1670276/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |