| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 258,025 | G→A | 13.5% | D18N (GAC→AAC) | secF → | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 258,025 | 0 | G | A | 13.5% | 175.0 / 12.3 | 95 | D18N (GAC→AAC) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/40); new base A (9/4); total (51/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
CTGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTATCGTTAT > minE/257960‑258092 | cTGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGAc > 1:178022/1‑68 (MQ=255) tGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt > 1:284115/1‑69 (MQ=255) tGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt > 1:1711125/1‑69 (MQ=255) tGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt > 1:2876359/1‑69 (MQ=255) tGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt > 1:1272178/1‑69 (MQ=255) tGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt > 1:987195/1‑69 (MQ=255) tGAGGAGAGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt > 1:1713696/1‑69 (MQ=255) gagTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:504375/65‑1 (MQ=255) gagTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:2906358/65‑1 (MQ=255) gagTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:1788619/65‑1 (MQ=255) gagTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:2291437/65‑1 (MQ=255) gagTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:239006/65‑1 (MQ=255) gagGGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:561144/65‑1 (MQ=255) agTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:1756632/64‑1 (MQ=255) agTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:1751464/64‑1 (MQ=255) cGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:52025/60‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:708058/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:2649097/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:2650547/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:2833873/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:2470832/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:2857092/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:3162973/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:3203105/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:1361943/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:1406574/68‑1 (MQ=255) aTGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:1438262/68‑1 (MQ=255) tgtgGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:2356875/67‑1 (MQ=255) tgGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGact < 1:3345381/69‑1 (MQ=255) gCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:1075608/63‑1 (MQ=255) gCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:3243828/63‑1 (MQ=255) gCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGactac > 1:3042416/1‑69 (MQ=255) gCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGactac > 1:140748/1‑69 (MQ=255) gCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGactac > 1:1625425/1‑69 (MQ=255) gCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGactac > 1:1630577/1‑69 (MQ=255) gtaaTATAGTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:947309/56‑1 (MQ=255) taCTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGGGCTGGGACTACTGGGCTTTCgg > 1:3247401/1‑69 (MQ=255) taCTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCgg > 1:1796558/1‑69 (MQ=255) taCTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCgg > 1:984868/1‑69 (MQ=255) taCTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCgg > 1:1883284/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGc > 1:2020589/1‑68 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:1711641/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:3140160/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:1054309/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:2345879/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:779648/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:3310830/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:1972716/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:2998080/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:2983964/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:1562100/1‑69 (MQ=255) cTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCa > 1:1045451/1‑69 (MQ=255) gTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:1116954/48‑1 (MQ=255) gAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACtt < 1:658956/35‑1 (MQ=255) aacTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTgg < 1:2458129/41‑1 (MQ=255) cTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTctg > 1:982571/1‑69 (MQ=255) cTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTctg > 1:2860000/1‑69 (MQ=255) cTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTctg > 1:3097510/1‑69 (MQ=255) tAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTctgc > 1:2408410/1‑69 (MQ=255) tAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTctgc > 1:1744856/1‑69 (MQ=255) tAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTctgc > 1:1954096/1‑69 (MQ=255) tAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTctgc > 1:2632498/1‑69 (MQ=255) tAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATATCTGGTctgc > 1:2099792/1‑69 (MQ=255) aaaCCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTctgct > 1:272020/1‑69 (MQ=255) cGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAAt < 1:2431838/69‑1 (MQ=255) cGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAAt < 1:2144803/69‑1 (MQ=255) gCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCg > 1:785638/1‑69 (MQ=255) aaaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCgctgct < 1:1912031/69‑1 (MQ=255) aaaGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCgctgct < 1:391674/69‑1 (MQ=255) aaaGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCgctgct < 1:1510953/69‑1 (MQ=255) aaaGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCgctgct < 1:2984171/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGCCTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:2764823/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa < 1:2424451/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa < 1:670910/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa < 1:2412339/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:1202800/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:507610/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:1236660/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa < 1:2656620/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa < 1:3402810/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa < 1:3379676/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:2106668/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:2102718/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa < 1:1334299/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:202349/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:3131558/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:3131247/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa < 1:2927238/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa < 1:20938/69‑1 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:1738198/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTa > 1:2996250/1‑69 (MQ=255) aaGTCTATAACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCgctgct < 1:458379/68‑1 (MQ=255) tGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTATCGttat > 1:2459753/1‑69 (MQ=255) tGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTATCGttat > 1:857965/1‑69 (MQ=255) tGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTATCGttat > 1:888050/1‑69 (MQ=255) | CTGAGGAGTGCGATGTGGCACAGGAATATACTGTTGAACAACTAAACCACGGCCGTAAAGTCTATGACTTTATGCGCTGGGACTACTGGGCTTTCGGCATCTCTGGTCTGCTGTTAATCGCTGCTATCGTTAT > minE/257960‑258092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |