| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 269,904 | A→G | 56.7% | intergenic (‑92/‑114) | xseB ← / → thiI | exonuclease VII small subunit/sulfurtransferase required for thiamine and 4‑thiouridine biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 269,904 | 0 | A | G | 56.7% | 56.3 / 130.9 | 169 | intergenic (‑92/‑114) | xseB/thiI | exonuclease VII small subunit/sulfurtransferase required for thiamine and 4‑thiouridine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/48); new base G (46/49); total (71/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
CCGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCACAGCAAAGCGATGTTAGTGGTATACTTCCGCGCCTGGATGCAGCCGCAGGTGTGGGCTGCTGTATTT > minE/269844‑269971 | ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:2791763/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:2569789/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:311102/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:715782/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:1826151/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:3244438/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:3367812/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:1290271/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:1339476/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaaa > 1:562027/1‑68 (MQ=255)ccGTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCGCAGCaa > 1:1019116/1‑67 (MQ=255) gTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCACAGCAAAGCg < 1:3070466/69‑1 (MQ=255) gTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCACAGCAAAGCg < 1:2086179/69‑1 (MQ=255) gTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCACAGCAAAGCg < 1:2086035/69‑1 (MQ=255) gTCATGGTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCACAGCAAAGCg < 1:2941142/69‑1 (MQ=255) ggTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCACAGCAAAGCGATGt < 1:2419409/68‑1 (MQ=255) ggTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCACAGCAAAGCGATGt < 1:62329/68‑1 (MQ=255) ggTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCACAGCAAAGCGATGt < 1:2273156/68‑1 (MQ=255) ggTAACGGACTCAGGGCAAATAGCAAATAACGCGCAATGGTAAGGTGATGTGCACAGCAAAGCGATGt < 1:693679/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |