| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 279,186 | G→A | 34.2% | S298S (AGC→AGT) | cyoA ← | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 279,186 | 0 | G | A | 34.2% | 106.7 / 75.0 | 134 | S298S (AGC→AGT) | cyoA | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/29); new base A (7/39); total (66/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTT > minE/279138‑279245 | ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCAc > 1:713816/1‑59 (MQ=255)ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:3318983/1‑69 (MQ=255)ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2970339/1‑69 (MQ=255)ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2502658/1‑69 (MQ=255)ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2310675/1‑69 (MQ=255)ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2498596/1‑69 (MQ=255)ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggctg > 1:2974119/1‑69 (MQ=255)ggCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTctggct > 1:1657080/1‑68 (MQ=255) ctgATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCACtg > 1:255614/3‑50 (MQ=39) cGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCACtg > 1:600707/1‑50 (MQ=255) cGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCACtg > 1:1297904/1‑50 (MQ=255) gcgTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1834106/68‑1 (MQ=255) gcgTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1071128/68‑1 (MQ=255) cgTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:3353532/67‑1 (MQ=255) gCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGct > 1:2434642/1‑69 (MQ=255) gCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGct > 1:855515/1‑69 (MQ=255) gCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGct > 1:2183000/1‑69 (MQ=255) cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:764159/69‑1 (MQ=255) cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:2250814/69‑1 (MQ=255) cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:2196496/69‑1 (MQ=255) cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:3393566/69‑1 (MQ=255) cATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCtt < 1:648066/69‑1 (MQ=255) gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:497113/68‑1 (MQ=255) gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:583994/68‑1 (MQ=255) gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:3011377/68‑1 (MQ=255) gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:2582732/68‑1 (MQ=255) gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:1951202/68‑1 (MQ=255) gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:71051/68‑1 (MQ=255) gTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTAc < 1:3301634/68‑1 (MQ=255) cATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTg > 1:582428/1‑69 (MQ=255) cATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTg > 1:149601/1‑69 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGTCTGGGTCATGTCCa < 1:3343008/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCTTGTCCa < 1:438772/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1769257/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:2783104/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:2936395/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1674945/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:3342958/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1667934/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1626141/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1528479/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:2355969/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:1494886/49‑1 (MQ=255) tCCATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:238800/49‑1 (MQ=255) ccATACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:946794/48‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATaaa < 1:1858865/68‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATaaa < 1:2909702/68‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATaaa < 1:1934877/68‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:517159/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:2054676/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:376270/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:2749698/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:2660527/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:3013759/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1102161/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1561481/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1329926/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:821368/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:1413464/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:3073446/44‑1 (MQ=255) aTACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTc < 1:3209750/44‑1 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCg > 1:607269/1‑56 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:3323229/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:2228679/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:428088/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:2541516/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:2372347/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:619577/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:1919702/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:1738068/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:1717905/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:1023570/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACt > 1:948567/1‑69 (MQ=255) tACCTTCGTGTGCACTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCa < 1:3166343/45‑1 (MQ=255) aCCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:226847/1‑69 (MQ=255) aCCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1790520/1‑69 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCCCCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:172036/1‑68 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:3411177/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2474377/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2113801/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:1017299/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:1238131/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:1454538/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:1895129/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:3045459/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2314040/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:237367/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2406227/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2658846/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:266832/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa > 1:2857694/1‑63 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1013205/1‑68 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1998564/1‑68 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1996729/1‑68 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1804137/1‑68 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:2764297/1‑68 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:1381512/1‑68 (MQ=255) ccTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACtt > 1:2817224/1‑68 (MQ=255) ttCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGtt < 1:1363525/69‑1 (MQ=255) ttCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCAAAAACTTGtt < 1:1499136/69‑1 (MQ=255) | GGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTT > minE/279138‑279245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |