| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 297,573 | G→C | 51.3% | R78R (CGG→CGC) | mdlA → | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 297,573 | 0 | G | C | 51.3% | 9.9 / 189.5 | 152 | R78R (CGG→CGC) | mdlA | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/42); new base C (42/36); total (74/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCG > minE/297506‑297617 | tCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCggg > 1:127338/1‑69 (MQ=255) ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt < 1:1081101/69‑1 (MQ=255) ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt < 1:280405/69‑1 (MQ=255) ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt > 1:266316/1‑69 (MQ=255) ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt < 1:2334288/69‑1 (MQ=255) ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt > 1:461294/1‑69 (MQ=255) ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt < 1:1965375/69‑1 (MQ=255) ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt < 1:571098/69‑1 (MQ=255) ccTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTCATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt < 1:2546848/69‑1 (MQ=255) cTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt < 1:2995160/68‑1 (MQ=255) cTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt < 1:2763211/68‑1 (MQ=255) cTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGt < 1:768057/68‑1 (MQ=255) tgtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGc > 1:1947757/1‑69 (MQ=255) tgtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGc > 1:3207375/1‑69 (MQ=255) tgtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGc > 1:2624771/1‑69 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTTATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:1146997/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTg < 1:1653843/67‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:3034619/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:2558369/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:2537691/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:2476110/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:3185755/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:1107508/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:2801528/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:3303657/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:2164791/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:2161987/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:51839/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:1188541/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:853378/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:783929/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:576716/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:57853/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:1408042/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:1448788/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:592443/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:1477789/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:1689102/68‑1 (MQ=255) gtgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:1638936/68‑1 (MQ=255) tgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTg > 1:1174300/1‑69 (MQ=255) tgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTg > 1:138788/1‑69 (MQ=255) tgGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTg > 1:2344833/1‑69 (MQ=255) ggTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCt > 1:1872100/1‑67 (MQ=255) ggTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCt > 1:1843301/1‑67 (MQ=255) ggTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTAAGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTc > 1:2233372/1‑66 (MQ=255) ggTGCTGATTGCCGGTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCtt > 1:1137002/1‑68 (MQ=255) gTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGc < 1:1534897/52‑1 (MQ=255) gTGATGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGG‑GGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc < 1:2871897/69‑1 (MQ=255) gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTTGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc < 1:1697969/68‑1 (MQ=255) gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc < 1:900900/68‑1 (MQ=255) gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc < 1:2973564/68‑1 (MQ=255) gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc < 1:2704676/68‑1 (MQ=255) gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc < 1:1446043/68‑1 (MQ=255) gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc < 1:312519/68‑1 (MQ=255) gCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATc < 1:3150956/68‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:404867/69‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:366344/69‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:3016996/69‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:3080510/69‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:955810/69‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:879044/69‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:2623216/69‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:1923744/69‑1 (MQ=255) tgtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:411610/68‑1 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTg < 1:3368296/67‑1 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:1352759/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:2360624/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:2308291/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGTTGTTGaa > 1:3333673/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:2895321/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:1075432/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:1321452/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:629272/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:2005954/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:2076076/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:216823/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:290898/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:2760717/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:2591559/1‑69 (MQ=255) gtgGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGaa > 1:2558105/1‑69 (MQ=255) tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg > 1:3411799/1‑68 (MQ=255) tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg > 1:231654/1‑68 (MQ=255) tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg > 1:1831027/1‑68 (MQ=255) tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg > 1:1410861/1‑68 (MQ=255) tATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCg > 1:71111/1‑68 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:1778166/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:902296/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:1093487/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:1242228/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:806360/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:605643/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:36485/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:1819417/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:2476569/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:543189/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:3156252/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:509878/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:459734/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:3358606/1‑45 (MQ=255) tGCGTTACGTCTGGCGCGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAAc > 1:2214050/1‑45 (MQ=255) | TCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCG > minE/297506‑297617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |