| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 299,608 | A→G | 37.7% | A168A (GCA→GCG) | mdlB → | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 299,608 | 0 | A | G | 37.7% | 25.0 / 32.1 | 53 | A168A (GCA→GCG) | mdlB | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/15); new base G (4/16); total (22/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
CTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGT > minE/299543‑299665 | cTGCGTAGCGCCGCACTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCtg > 1:2334854/1‑69 (MQ=255)cTGCGTAGCGCCGCACTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCtg > 1:581008/1‑69 (MQ=255)cTGCGTAGCGCCGCACTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCtg > 1:2802075/1‑69 (MQ=255)cTGCGTAGCGCCGCACTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCtg > 1:1603356/1‑69 (MQ=255) gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2397885/1‑69 (MQ=255) gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2335621/1‑69 (MQ=255) gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:645625/1‑69 (MQ=255) gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:1427592/1‑69 (MQ=255) gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:493437/1‑69 (MQ=255) gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2332416/1‑69 (MQ=255) gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:3399699/1‑69 (MQ=255) gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2135579/1‑69 (MQ=255) gCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATa > 1:2601227/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCggt > 1:907341/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCggt > 1:2166203/1‑69 (MQ=255) cgcgATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCggt > 1:2522431/1‑69 (MQ=255) tGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:2534268/69‑1 (MQ=255) tGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:2007767/69‑1 (MQ=255) tGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:115653/69‑1 (MQ=255) gCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:257458/68‑1 (MQ=255) gCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:773034/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGTTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2428487/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2636136/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:3215395/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:37384/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2400489/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1122515/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1318724/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2083084/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1945359/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1422615/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1671817/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1455308/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:2362819/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1212695/68‑1 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1480537/68‑1 (MQ=255) gCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTa > 1:693210/1‑69 (MQ=255) cAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGa < 1:3315575/68‑1 (MQ=255) cTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGatat > 1:3298142/1‑67 (MQ=255) cTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGatat > 1:1062459/1‑67 (MQ=255) cTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGatat > 1:1548117/1‑67 (MQ=255) cTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGatat > 1:2352249/1‑67 (MQ=255) cTCGACTGGAGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAAt > 1:60611/1‑59 (MQ=255) tGGCGAATGGCGCTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 1:1471250/46‑1 (MQ=255) tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:361595/69‑1 (MQ=255) tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:935895/69‑1 (MQ=255) tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:938620/69‑1 (MQ=255) tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:547594/69‑1 (MQ=255) tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:1540395/69‑1 (MQ=255) tGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGt < 1:179619/69‑1 (MQ=255) ggCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGAtata < 1:1771331/61‑1 (MQ=255) ggCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGAtata < 1:949751/61‑1 (MQ=255) aaTGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGc < 1:3155841/38‑1 (MQ=255) | CTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGT > minE/299543‑299665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |