| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 299,920 | C→T | 51.7% | G272G (GGC→GGT) | mdlB → | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 299,920 | 0 | C | T | 51.7% | ‑0.3 / 138.7 | 149 | G272G (GGC→GGT) | mdlB | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/42); new base T (27/50); total (57/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TTTCTGCTGCGTCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGCTGTATGCGTTTATCAGCTATCTTGGGCGACTTA > minE/299852‑299987 | tttCTGCTGCGTCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGc < 1:941165/69‑1 (MQ=255)tttCTGCTGCGTCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGc < 1:1963986/69‑1 (MQ=255)tttCTGCTGCGTCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGc < 1:2161760/69‑1 (MQ=255)tttCTGCTGCGTCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGc < 1:491835/69‑1 (MQ=255) ttCTGCTGCGTCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGc < 1:2421322/68‑1 (MQ=255) tgctgcGTCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTtc < 1:1045911/68‑1 (MQ=255) tCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAg > 1:893132/1‑69 (MQ=255) tCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAg > 1:620323/1‑69 (MQ=255) tCCGCTGCTGAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAg > 1:1583284/1‑69 (MQ=255) gctgAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCAc < 1:2546919/69‑1 (MQ=255) gctgAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCAc < 1:1500144/69‑1 (MQ=255) gctgAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCAc < 1:3401633/69‑1 (MQ=255) gctgAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCAc < 1:2669733/69‑1 (MQ=255) gctgAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCAc < 1:722044/69‑1 (MQ=255) gctgAGTCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCAc < 1:953047/69‑1 (MQ=255) tCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGa < 1:2516698/69‑1 (MQ=255) tCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGa < 1:981078/69‑1 (MQ=255) tCTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGa < 1:3307884/69‑1 (MQ=255) cTGTTTTCATCGCTCATTCTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGa < 1:3309813/68‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGCTGTATGCg > 1:2525491/1‑69 (MQ=255) cTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGCTGTATGCg > 1:1476388/1‑69 (MQ=255) cTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGCTGTATGCg > 1:1314394/1‑69 (MQ=255) cTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGCTGTATGCg > 1:1330677/1‑69 (MQ=255) cTTTGTGGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATCGAAGTGGGCGTGCTGTATGCg > 1:885830/1‑69 (MQ=255) tgtgGCTTGTTGATGCTGTTTGGCTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCg > 1:3118213/1‑55 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTTGGCGTGTTg < 1:2710836/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:3186486/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:677320/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:1253067/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:305668/53‑1 (MQ=255) 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tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:2386779/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:962722/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:2020991/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:2072265/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:2079711/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:2087186/53‑1 (MQ=255) tgttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg < 1:1107808/53‑1 (MQ=255) gttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGa > 1:2664021/1‑39 (MQ=255) gttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTg > 1:1263428/1‑52 (MQ=255) gttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTGTATGCGTTCATCAGTTa > 1:113362/1‑69 (MQ=255) gttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTGTATGCGTTCATCAGTTa > 1:686490/1‑69 (MQ=255) gttgATGCTGTTTGGTTTCTCCGCCAGCGGCACCATTGAAGTGGGCGTGTTGTATGCGTTCATCAGTTa > 1:719243/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |