| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 300,682 | C→T | 31.1% | T526T (ACC→ACT) | mdlB → | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 300,682 | 0 | C | T | 31.1% | 87.4 / 43.8 | 93 | T526T (ACC→ACT) | mdlB | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/43); new base T (15/14); total (36/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.08e-01 | |||||||||||
GCATTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCAT > minE/300621‑300748 | gCATTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTgg < 1:3203838/69‑1 (MQ=255)gCATTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTgg < 1:1027126/69‑1 (MQ=255)gCATTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTgg < 1:219287/69‑1 (MQ=255)gCATTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTgg < 1:1610946/69‑1 (MQ=255) cATTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt < 1:121381/69‑1 (MQ=255) aTTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTa > 1:1411970/1‑69 (MQ=255) gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGt < 1:278696/68‑1 (MQ=255) gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGt < 1:1936484/68‑1 (MQ=255) gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGt < 1:1700860/68‑1 (MQ=255) gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTg < 1:136015/69‑1 (MQ=255) gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTg < 1:1409302/69‑1 (MQ=255) gACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTg < 1:842515/69‑1 (MQ=255) gTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCt < 1:2215501/68‑1 (MQ=255) gTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCt < 1:3010939/68‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTTGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1227525/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGTTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:2990377/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:1399606/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:3124239/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:1167172/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:3268502/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:3090057/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:3388911/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:781266/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:2475513/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:1541659/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:2656253/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:623032/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:74758/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGt > 1:778191/1‑56 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:2618242/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:2203498/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1700780/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:2037962/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:3256273/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1840581/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:3335836/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:547977/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1502438/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:983512/58‑1 (MQ=255) aCTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCCGTGCGTGAACATACCACGCTgg > 1:3405693/1‑55 (MQ=255) cAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCt < 1:2872670/67‑1 (MQ=255) cAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTa > 1:3314759/1‑69 (MQ=255) cAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTa > 1:156009/1‑69 (MQ=255) cAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTa > 1:1092259/1‑69 (MQ=255) tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:2839023/69‑1 (MQ=255) tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:1293625/69‑1 (MQ=255) tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt > 1:1342373/1‑69 (MQ=255) cAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:1503846/68‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGACCATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2105588/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1705179/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1075887/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1433220/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:616377/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3402277/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1672518/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2032721/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3207090/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2937090/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3071693/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2949197/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2604063/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCAAGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3371751/69‑1 (MQ=255) aTGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAg < 1:1959565/39‑1 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTAttgttg > 1:2225548/1‑68 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTAttgttg > 1:2960243/1‑68 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:1546866/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:2775384/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:943073/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:939099/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3353573/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:1927423/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3093038/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:309476/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3183564/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3021879/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:32684/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:2805050/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3301675/1‑69 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:779700/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:337972/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2136679/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:932282/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:894871/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2631692/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:785189/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:1308391/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:351162/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:770031/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:1421842/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:638221/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:3010598/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2220236/69‑1 (MQ=255) aCCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCAt > 1:2910957/1‑69 (MQ=255) | GCATTGACTCCGGTACTGAACAGGCGATTCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCAT > minE/300621‑300748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |