| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 300,715 | C→T | 57.8% | T537T (ACC→ACT) | mdlB → | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 300,715 | 0 | C | T | 57.8% | 16.5 / 46.7 | 64 | T537T (ACC→ACT) | mdlB | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/17); new base T (15/22); total (25/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
TCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAGGG > minE/300649‑300771 | tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:2839023/69‑1 (MQ=255)tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:1293625/69‑1 (MQ=255)tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt > 1:1342373/1‑69 (MQ=255) cAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:1503846/68‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGACCATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2105588/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1705179/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2937090/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2949197/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2604063/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3071693/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2032721/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3207090/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1672518/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1433220/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3402277/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:616377/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1075887/69‑1 (MQ=255) cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCAAGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3371751/69‑1 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTAttgttg > 1:2225548/1‑68 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTAttgttg > 1:2960243/1‑68 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:32684/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:943073/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3301675/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3183564/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3353573/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:309476/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3093038/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3021879/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:939099/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:2805050/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:1546866/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:1927423/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:2775384/1‑69 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2631692/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:638221/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:770031/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:779700/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:351162/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:785189/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:337972/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:1421842/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:894871/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2136679/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2220236/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:3010598/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:932282/69‑1 (MQ=255) ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:1308391/69‑1 (MQ=255) aCCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCAt > 1:2910957/1‑69 (MQ=255) aGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGc > 1:2260364/1‑69 (MQ=255) aGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGc > 1:3035193/1‑69 (MQ=255) aGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGc > 1:587447/1‑69 (MQ=255) cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:1594683/1‑69 (MQ=255) cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:1553424/1‑69 (MQ=255) cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:1375632/1‑69 (MQ=255) cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:2292054/1‑69 (MQ=255) cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:3004763/1‑69 (MQ=255) cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:1168931/68‑1 (MQ=255) cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:388234/68‑1 (MQ=255) cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:3417446/68‑1 (MQ=255) cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:186345/68‑1 (MQ=255) cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:2992764/68‑1 (MQ=255) cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:2776198/68‑1 (MQ=255) cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:2848138/68‑1 (MQ=255) cGCTTATCAACTATTCTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:1321677/68‑1 (MQ=255) | TCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAGGG > minE/300649‑300771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |