| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 307,962 | C→T | 47.4% | A142A (GCG→GCA) | maa ← | maltose O‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 307,962 | 0 | C | T | 47.4% | 13.8 / 105.4 | 123 | A142A (GCG→GCA) | maa | maltose O‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/20); new base T (13/45); total (58/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTTTGTGACAACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTATTA > minE/307896‑308028 | ttttGTGACAACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACcgc > 1:3392885/1‑69 (MQ=255)ttttGTGACAACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACcgc > 1:3214507/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTTAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:1396640/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCGCCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 1:2487505/1‑68 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:1281767/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:1377391/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:3130761/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:2816267/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 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aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:898137/1‑69 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:1248615/1‑69 (MQ=255) aTGGTCACACCAGGGGTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:832893/39‑1 (MQ=37) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:3382092/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:660291/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:1796976/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:1800787/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:1981711/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:2232631/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTAcc > 1:2837216/1‑50 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTcccc > 1:878908/1‑69 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTcccc > 1:1621464/1‑69 (MQ=255) 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1:2318558/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1122163/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1869107/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:281283/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2207569/1‑68 (MQ=255) acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATgg > 1:318767/1‑50 (MQ=255) acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTc > 1:3022294/1‑69 (MQ=255) acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTc > 1:1281313/1‑69 (MQ=255) gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:238958/35‑1 (MQ=255) gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCa > 1:2595318/1‑69 (MQ=255) gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCa > 1:490299/1‑69 (MQ=255) gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:810501/1‑60 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |