| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 307,965 | G→A | 47.9% | R141R (CGC→CGT) | maa ← | maltose O‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 307,965 | 0 | G | A | 47.9% | 11.5 / 108.2 | 123 | R141R (CGC→CGT) | maa | maltose O‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/20); new base A (14/45); total (58/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTATTA > minE/307905‑308028 | aaCTGCACCTTAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:1396640/1‑69 (MQ=255)aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCGCCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 1:2487505/1‑68 (MQ=255)aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:2816267/1‑69 (MQ=255)aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:478352/1‑69 (MQ=255)aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:3130761/1‑69 (MQ=255)aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 1:794126/1‑68 (MQ=255)aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 1:1583510/1‑68 (MQ=255) tGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCA‑CAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1180354/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGTCTGCACGTCCGCCAATc < 1:1358669/69‑1 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acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2207569/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1264682/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:281283/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1869107/1‑68 (MQ=255) acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATgg > 1:318767/1‑50 (MQ=255) acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTc > 1:3022294/1‑69 (MQ=255) acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTc > 1:1281313/1‑69 (MQ=255) gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:238958/35‑1 (MQ=255) gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCa > 1:2595318/1‑69 (MQ=255) gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCa > 1:490299/1‑69 (MQ=255) gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2032943/1‑60 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |