Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 307,965 | G→A | 47.9% | R141R (CGC→CGT) | maa ← | maltose O‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 307,965 | 0 | G | A | 47.9% | 11.5 / 108.2 | 123 | R141R (CGC→CGT) | maa | maltose O‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/20); new base A (14/45); total (58/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTATTA > minE/307905‑308028 | aaCTGCACCTTAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:1396640/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCGCCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 1:2487505/1‑68 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:2816267/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:478352/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGcc > 1:3130761/1‑69 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 1:794126/1‑68 (MQ=255) aaCTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGc > 1:1583510/1‑68 (MQ=255) tGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCA‑CAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1180354/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGTCTGCACGTCCGCCAATc < 1:1358669/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1057894/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2730075/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1528231/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2893913/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:3217135/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2594511/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2495089/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:32495/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1429302/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:960902/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1356600/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:50575/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1300904/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1160343/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:748833/69‑1 (MQ=255) gCACCTGAGGCTACCAAGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:615030/69‑1 (MQ=255) cACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:2580103/68‑1 (MQ=255) cACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:3069922/68‑1 (MQ=255) cACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1817965/68‑1 (MQ=255) gAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:1909393/63‑1 (MQ=255) cTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:554922/66‑1 (MQ=255) tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGAc > 1:2756949/1‑63 (MQ=255) tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:1063424/1‑69 (MQ=255) tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:2616619/1‑69 (MQ=255) tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:1192833/1‑69 (MQ=255) tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:1983874/1‑69 (MQ=255) tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:2879929/1‑69 (MQ=255) tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:1401369/1‑69 (MQ=255) tACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGttatt > 1:3265198/1‑69 (MQ=255) acgacgTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTAcc < 1:266684/68‑1 (MQ=255) gTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGt < 1:2708756/69‑1 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCGAGACGttatta > 1:2937357/1‑58 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:898137/1‑69 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:1396243/1‑69 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:355724/1‑69 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:2216008/1‑69 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:1248615/1‑69 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:2625006/1‑69 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:2135048/1‑69 (MQ=255) aTCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGAc > 1:740502/1‑69 (MQ=255) aTGGTCACACCAGGGGTAATGACTGCACGTCCGCCAATc < 1:832893/39‑1 (MQ=37) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:1289322/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:2746825/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:1800787/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:1796976/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:3382092/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:3212079/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:660291/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:2232631/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:248801/44‑1 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTAcc > 1:2837216/1‑50 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTcccc > 1:2752132/1‑69 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTcccc > 1:878908/1‑69 (MQ=255) gTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTcccc > 1:1621464/1‑69 (MQ=255) cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:1305368/41‑1 (MQ=255) cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:969844/41‑1 (MQ=255) cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:780223/41‑1 (MQ=255) cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:1571172/41‑1 (MQ=255) cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:2370796/41‑1 (MQ=255) cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:2370952/41‑1 (MQ=255) cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:2330826/41‑1 (MQ=255) cacaCCAGGGTTAATGACTGCACGTCCGCCAATCCAGACGt < 1:1911331/41‑1 (MQ=255) cacaCCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg < 1:1527227/69‑1 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1685476/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1122163/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2318558/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2207569/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1264682/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:281283/1‑68 (MQ=255) acacCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:1869107/1‑68 (MQ=255) acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATgg > 1:318767/1‑50 (MQ=255) acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTc > 1:3022294/1‑69 (MQ=255) acCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTc > 1:1281313/1‑69 (MQ=255) gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGtt < 1:238958/35‑1 (MQ=255) gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCa > 1:2595318/1‑69 (MQ=255) gggTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCa > 1:490299/1‑69 (MQ=255) gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:2032943/1‑60 (MQ=255) gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:810501/1‑60 (MQ=255) gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:587550/1‑60 (MQ=255) gTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAg > 1:575893/1‑60 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGttt > 1:618554/1‑45 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:728076/1‑65 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:469654/1‑65 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:422008/1‑65 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:2971634/1‑65 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:1689514/1‑65 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:884659/1‑65 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:2850221/1‑65 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:3246102/1‑65 (MQ=255) cgcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTAt > 1:519000/1‑65 (MQ=255) agcgcgTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTg > 1:703166/2‑37 (MQ=255) | AACTGCACCTGAGGCTACCACGACGTTATCACCAATGGTCACACCAGGGTTAATGACCGCGCGTCCGCCAATCCAGACGTTATTACCGATGGTGACGGGTTTCCCCAGTTCAGCACCGCTATTA > minE/307905‑308028 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |