| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 312,429 | G→A | 43.0% | T148T (ACC→ACT) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 312,429 | 0 | G | A | 43.0% | 28.1 / 63.0 | 86 | T148T (ACC→ACT) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/19); new base A (22/15); total (52/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
TACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAA > minE/312368‑312487 | tACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCAt > 1:1067052/1‑69 (MQ=255)tACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCAt > 1:1961009/1‑69 (MQ=255)tACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCAt > 1:1884684/1‑69 (MQ=255)tACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCAt > 1:1837586/1‑69 (MQ=255) cGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCg > 1:3241804/1‑69 (MQ=255) cGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCg > 1:2983938/1‑69 (MQ=255) cGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCg > 1:2907463/1‑69 (MQ=255) cGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCg > 1:409328/1‑69 (MQ=255) gATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGtt > 1:3412142/1‑69 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1458861/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3038233/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3353513/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2789809/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1258983/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:457795/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3045190/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:696878/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1910809/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1314023/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:740981/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCTGCCACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:833466/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1163593/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3193320/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:171000/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3241389/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1140732/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1661474/69‑1 (MQ=255) ggCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGAGTTGAt < 1:1410/69‑1 (MQ=255) gCATCTTTCATATTGGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATa > 1:3076006/1‑69 (MQ=255) 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atatTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACa > 1:306076/1‑69 (MQ=255) atatTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACa > 1:1651513/1‑69 (MQ=255) atatTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACa > 1:1299484/1‑69 (MQ=255) atatTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACa > 1:1676559/1‑69 (MQ=255) atatTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACa > 1:1907548/1‑69 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt > 1:2523029/1‑56 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt > 1:151954/1‑56 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt > 1:2339105/1‑56 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt > 1:3304381/1‑56 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt > 1:1342920/1‑56 (MQ=255) ccACGTAGTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2472068/49‑1 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTg > 1:531880/1‑40 (MQ=38) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAAcccc > 1:3127668/1‑48 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:943705/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:503369/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:592852/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:672265/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:681247/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:694062/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:703952/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:761173/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:853114/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:1028473/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:2827876/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:148316/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:1863975/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:2079554/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:2602958/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:2532180/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:2396210/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:2103106/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATAACCCCGACAACCa > 1:2214147/1‑56 (MQ=255) gTCAGAGATATACTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGATATCCCCGACAACCa > 1:280040/1‑56 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTgg > 1:571350/1‑68 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTgg > 1:2621321/1‑68 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTgg > 1:842894/1‑68 (MQ=255) agagaTATCCTCCTGCGTCATAGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1605382/38‑1 (MQ=39) atCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGAttt > 1:219550/1‑69 (MQ=255) atCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGAttt > 1:2176147/1‑69 (MQ=255) ctcctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc > 1:1991978/1‑69 (MQ=255) ctcctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc > 1:2667636/1‑69 (MQ=255) ctcctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc > 1:1515583/1‑69 (MQ=255) cctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCaa < 1:2226525/69‑1 (MQ=255) cctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCaa < 1:1864354/69‑1 (MQ=255) cctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCaa < 1:870546/69‑1 (MQ=255) cctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCaa < 1:1514689/69‑1 (MQ=255) cctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCaa < 1:3402809/69‑1 (MQ=255) | TACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAA > minE/312368‑312487 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |