| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 317,602 | A→G | 51.1% | L866L (TTA→TTG) | kefA → | fused mechanosensitive channel proteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 317,602 | 0 | A | G | 51.1% | 6.2 / 129.5 | 141 | L866L (TTA→TTG) | kefA | fused mechanosensitive channel proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/23); new base G (6/66); total (52/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCAT > minE/317537‑317658 | aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGGCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:2596070/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:2763358/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:866132/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:1598523/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:896417/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:3025193/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:2434555/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:3380914/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:942422/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:2460723/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:1384868/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:1355115/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:2072555/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:975950/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:2826183/69‑1 (MQ=255)aGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:1049055/69‑1 (MQ=255) gTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:1686473/68‑1 (MQ=255) gTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTAc > 1:1935242/1‑66 (MQ=255) gTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACt > 1:2142130/1‑67 (MQ=255) gTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACt > 1:1785004/1‑67 (MQ=255) gTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACt > 1:2056351/1‑67 (MQ=255) gTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACt > 1:199598/1‑67 (MQ=255) gTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACt > 1:1682172/1‑67 (MQ=255) gTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACt > 1:870020/1‑67 (MQ=255) cTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGaa > 1:1537146/1‑69 (MQ=255) cTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGaa > 1:245357/1‑69 (MQ=255) cTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGaa > 1:2889974/1‑69 (MQ=255) cTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGaa > 1:1198092/1‑69 (MQ=255) cTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGaa > 1:598816/1‑69 (MQ=255) tgttgtTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGaa > 1:677394/1‑68 (MQ=255) tgttgtTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAg > 1:1545630/1‑69 (MQ=255) tgttgtTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAg > 1:3075631/1‑69 (MQ=255) tgttgtTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAg > 1:1491691/1‑69 (MQ=255) aTCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTg < 1:797321/51‑1 (MQ=255) cGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTcgcg > 1:834039/1‑69 (MQ=255) cGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTcgcg > 1:2329104/1‑69 (MQ=255) gCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTcgcg < 1:2871839/68‑1 (MQ=255) gCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTcgcg < 1:1862103/68‑1 (MQ=255) gCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTcgcg < 1:991561/68‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACt > 1:3349947/1‑67 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTg > 1:2679376/1‑68 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTg > 1:1417418/1‑68 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTg > 1:1802238/1‑68 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:1728914/69‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:993983/69‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:1161527/69‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:1262028/69‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:925631/69‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:673274/69‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:2252279/69‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:1905406/69‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:412259/69‑1 (MQ=255) cAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTCCTCTCGCGACTGa < 1:699544/69‑1 (MQ=255) tgtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAatat > 1:1494084/2‑69 (MQ=255) ggtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAatat > 1:23980/1‑69 (MQ=255) ggtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAatat > 1:2931185/1‑69 (MQ=255) ggtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAatat > 1:795160/1‑69 (MQ=255) ggtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAatat > 1:134138/1‑69 (MQ=255) ggtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAatat > 1:3287807/1‑69 (MQ=255) ggtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTATACTGGAAGTGCTGGTGctct > 1:2424805/1‑56 (MQ=255) ggtggCCTGGGCGTTGATTCCCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAatat > 1:1044244/1‑69 (MQ=255) gtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAatat > 1:3293957/1‑68 (MQ=255) gtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATg > 1:2744430/1‑69 (MQ=255) gtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATg > 1:1183926/1‑69 (MQ=255) gtggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATg > 1:1476834/1‑69 (MQ=255) ggCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATgc > 1:2121141/1‑68 (MQ=255) gCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTcgcg < 1:3106566/56‑1 (MQ=255) tGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGa < 1:3234380/58‑1 (MQ=255) gCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGctct < 1:61342/46‑1 (MQ=255) gCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGctct < 1:1166960/46‑1 (MQ=255) gTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGaa < 1:2973011/54‑1 (MQ=255) gTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGaa < 1:1943834/54‑1 (MQ=255) gTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGaa < 1:1911868/54‑1 (MQ=255) gTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGaa < 1:1584857/54‑1 (MQ=255) gTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGaa < 1:909350/54‑1 (MQ=255) gTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGaa < 1:1818025/54‑1 (MQ=255) gTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGaa < 1:2138012/54‑1 (MQ=255) ttGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGaa < 1:1727896/53‑1 (MQ=255) gATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGTTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgt > 1:930734/1‑68 (MQ=255) gATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgt > 1:2133051/1‑68 (MQ=255) gATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgt > 1:3343852/1‑68 (MQ=255) gATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgt > 1:2414438/1‑68 (MQ=255) gATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgt > 1:2942796/1‑68 (MQ=255) ttCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:1674441/68‑1 (MQ=255) ttCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:2556098/68‑1 (MQ=255) ttCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCACGGCGcgtcg < 1:158219/68‑1 (MQ=255) tCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:445790/67‑1 (MQ=255) cGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTAt > 1:1988504/1‑69 (MQ=255) cGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTAt > 1:2174124/1‑69 (MQ=255) cctgcctgGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCAt < 1:1613660/69‑1 (MQ=255) ctgGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:198277/56‑1 (MQ=255) ctgGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:616773/56‑1 (MQ=255) ctgGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:553207/56‑1 (MQ=255) ctgGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:3289803/56‑1 (MQ=255) ctgGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:1538623/56‑1 (MQ=255) ctgGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:968240/56‑1 (MQ=255) ctgGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:103709/56‑1 (MQ=255) ctgGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:2579422/56‑1 (MQ=255) ctgGTTTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:2683505/56‑1 (MQ=255) ctgGTCTGCTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 1:2191008/56‑1 (MQ=39) | AGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCAT > minE/317537‑317658 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |