| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 321,361 | G→A | 81.4% | L267L (CTG→CTA) | dnaX → | DNA polymerase III/DNA elongation factor III, tau and gamma subunits |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 321,361 | 0 | G | A | 81.4% | 70.4 / 8.2 | 48 | L267L (CTG→CTA) | dnaX | DNA polymerase III/DNA elongation factor III, tau and gamma subunits |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/5); new base A (25/14); total (29/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
CAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGC > minE/321302‑321416 | cAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGaa > 1:1031036/1‑69 (MQ=255)cAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGaa > 1:279965/1‑69 (MQ=255)cAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGaa > 1:166837/1‑69 (MQ=255)cAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGaa > 1:1399072/1‑69 (MQ=255) ggCGAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1893929/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:573953/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:771437/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:478689/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:46228/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:364200/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:3416008/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1026264/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:3199215/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:302713/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2953489/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2802989/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:851982/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2630737/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2461333/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:2084844/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1500299/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1941336/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1907677/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1794105/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:190637/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt > 1:1795794/1‑69 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGt > 1:1170387/1‑68 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGt > 1:1410941/1‑68 (MQ=255) ggCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGt > 1:3289233/1‑68 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTTGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:603431/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:245916/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:2045624/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:797674/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:1292412/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:1394982/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:2148196/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:1428676/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:1865228/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:3368808/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:2699572/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:3064328/69‑1 (MQ=255) gcgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:3052747/69‑1 (MQ=255) cgTAATGGCGCTAATTAATGAAGCTGCTGCCCGTGCTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGc < 1:3333608/68‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:2596406/50‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:1410169/50‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:506613/50‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:2801337/50‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGtt < 1:1819108/50‑1 (MQ=255) | CAGGCGCTGTCGCTGGTTGAAGCGATGGTCGAGGCCAACGGCGAGCGCGTAATGGCGCTGATTAATGAAGCCGCTGCCCGTGGTATCGAGTGGGAAGCGTTGCTGGTGGAAATGC > minE/321302‑321416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |