Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 337,371 C→T 25.7% R826R (CGG→CGA)  copA ← copper transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE337,3710CT25.7% 135.8 / 41.4 112R826R (CGG→CGA) copAcopper transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (27/56);  new base T (8/21);  total (35/77)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.16e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-01

Only 100 of 112 total aligned reads displayed.

TGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCG  >  minE/337307‑337417
                                                                |                                              
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt                                            >  1:2440816/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt                                            >  1:899646/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt                                            >  1:1641058/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt                                            >  1:2006060/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt                                            >  1:1407868/1‑69 (MQ=255)
tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGt                                            >  1:1258756/1‑69 (MQ=255)
      aCCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGt                                      <  1:1374239/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:546453/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:3180433/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:3251648/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:407212/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:2950095/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:514896/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:566504/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:2935192/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:63811/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:81472/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:844021/69‑1 (MQ=255)
        ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:2319742/69‑1 (MQ=255)
         cTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:2421952/68‑1 (MQ=255)
         cTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTa                                    <  1:3068766/68‑1 (MQ=255)
          tAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACt                                  <  1:2502733/69‑1 (MQ=255)
             agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc                               >  1:3229767/1‑69 (MQ=255)
             agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc                               >  1:62189/1‑69 (MQ=255)
             agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc                               >  1:2866353/1‑69 (MQ=255)
             agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc                               >  1:72034/1‑69 (MQ=255)
             agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCAc                               >  1:1071281/1‑69 (MQ=255)
             agcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTAATCAc                               >  1:1363539/1‑69 (MQ=255)
              gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt                              >  1:3110678/1‑69 (MQ=255)
              gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt                              >  1:377783/1‑69 (MQ=255)
              gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt                              >  1:3037424/1‑69 (MQ=255)
              gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt                              >  1:2841268/1‑69 (MQ=255)
              gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt                              >  1:2663647/1‑69 (MQ=255)
              gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt                              >  1:2629288/1‑69 (MQ=255)
              gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt                              >  1:931509/1‑69 (MQ=255)
              gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACt                              >  1:1022489/1‑69 (MQ=255)
                    cATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa                        <  1:618366/69‑1 (MQ=255)
                    cATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa                        <  1:47319/69‑1 (MQ=255)
                    cATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa                        <  1:1243815/69‑1 (MQ=255)
                     aTCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa                        <  1:73332/68‑1 (MQ=255)
                     aTCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa                        <  1:1955866/68‑1 (MQ=255)
                     aTCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTa                        <  1:3107148/68‑1 (MQ=255)
                        cGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcg                    >  1:717682/1‑69 (MQ=255)
                        cGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcg                    >  1:2008031/1‑69 (MQ=255)
                          cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCTGTTGGCTTTACTCACTACGGTAATcgac                  <  1:2810958/69‑1 (MQ=255)
                          cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcgac                  <  1:2545929/69‑1 (MQ=255)
                          cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcgac                  <  1:3059081/69‑1 (MQ=255)
                          cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcgac                  <  1:3421961/69‑1 (MQ=255)
                          cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATcgac                  <  1:3386898/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:1460797/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:3158081/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:159000/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:547361/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:3261705/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:1688013/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:1595399/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:495137/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:2662123/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:3279427/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:2196800/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:637966/69‑1 (MQ=255)
                             tgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:2334488/69‑1 (MQ=255)
                               atgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGagag             >  1:2473279/1‑69 (MQ=255)
                               atgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGagag             >  1:3377005/1‑69 (MQ=255)
                                 gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:3382302/65‑1 (MQ=255)
                                 gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:2346309/65‑1 (MQ=255)
                                 gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:1377875/65‑1 (MQ=255)
                                 gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:457394/65‑1 (MQ=255)
                                 gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:1231191/65‑1 (MQ=255)
                                 gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:790002/65‑1 (MQ=255)
                                 gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:1091691/65‑1 (MQ=255)
                                 gTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:1620650/65‑1 (MQ=255)
                                  tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc          <  1:3196056/69‑1 (MQ=255)
                                  tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc          <  1:2577844/69‑1 (MQ=255)
                                  tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc          <  1:2146503/69‑1 (MQ=255)
                                  tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc          <  1:1923219/69‑1 (MQ=255)
                                  tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc          <  1:1351804/69‑1 (MQ=255)
                                  tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc          <  1:1670928/69‑1 (MQ=255)
                                  tACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAgcgc          <  1:3191727/69‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg                          >  1:2373746/1‑51 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg                          <  1:118881/51‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg                          <  1:360450/51‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg                          <  1:119535/51‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg                          <  1:2337054/51‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACgg                          <  1:584108/51‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc         <  1:1138211/68‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc         <  1:224481/68‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc         <  1:1226363/68‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc         <  1:2824431/68‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGcc         <  1:1755302/68‑1 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCa        >  1:2449520/1‑69 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCa        >  1:1187485/1‑69 (MQ=255)
                                    cTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCa        >  1:1001596/1‑69 (MQ=255)
                                         tCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTGATCGACGAGAGCGCCATTGc    <  1:3378123/68‑1 (MQ=255)
                                         tCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTGATCGACGAGAGCGCCATTGc    <  1:530415/68‑1 (MQ=255)
                                         tCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTGATCGACGAGAGCGCCATTGc    <  1:387687/68‑1 (MQ=255)
                                         tCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAATCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTGATCGACGAGAGCGCCATTGc    <  1:3413589/68‑1 (MQ=255)
                                          ccTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATc                     >  1:1800356/1‑50 (MQ=255)
                                          ccTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCg  >  1:2490086/1‑69 (MQ=255)
                                            ttCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACgag               <  1:1615340/54‑1 (MQ=255)
                                                                |                                              
TGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCG  >  minE/337307‑337417

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑