| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 345,441 | T→A | 59.1% | I130I (ATT→ATA) | ybbM → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 345,441 | 0 | T | A | 59.1% | 19.6 / 41.1 | 44 | I130I (ATT→ATA) | ybbM | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/7); new base A (13/13); total (24/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTCTCAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGTCATTAGCG > minE/345384‑345505 | tctctcAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc < 1:3113850/69‑1 (MQ=255)tctctcAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc < 1:364278/69‑1 (MQ=255)tctctcAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc < 1:2331113/69‑1 (MQ=255) tATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc > 1:212299/1‑48 (MQ=255) tATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc > 1:1551958/1‑48 (MQ=255) tATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc > 1:728299/1‑48 (MQ=255) tATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGc > 1:82205/1‑48 (MQ=255) aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:2392542/48‑1 (MQ=255) aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:1444379/48‑1 (MQ=255) aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:1795758/48‑1 (MQ=255) aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:646931/48‑1 (MQ=255) aTCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:3255308/48‑1 (MQ=255) tCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGcc < 1:301453/47‑1 (MQ=255) cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:2436682/68‑1 (MQ=255) cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:3189433/68‑1 (MQ=255) cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:2385596/68‑1 (MQ=255) cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:1074173/68‑1 (MQ=255) cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:2142149/68‑1 (MQ=255) cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:537100/68‑1 (MQ=255) cccGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGtt < 1:2097282/68‑1 (MQ=255) cccTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGc < 1:1209636/68‑1 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:2285197/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:1667885/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:1409435/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:756144/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACgg > 1:3203051/1‑69 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTTGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACg > 1:1357571/1‑68 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGt > 1:650648/1‑38 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:985259/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:3156913/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:3152983/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:2713253/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:2323106/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:2211786/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:2118730/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:203928/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:1861757/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:1489031/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAgg > 1:1223077/1‑62 (MQ=255) aTCGCCGGGATGATAGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAg > 1:2558454/1‑61 (MQ=255) gCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACTACAATTTAGGGCAACGGGTc > 1:1111819/1‑69 (MQ=255) gCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGt < 1:522589/68‑1 (MQ=255) tgatTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGTCATTAGCg < 1:3280646/69‑1 (MQ=255) atTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGTCATTAgag < 1:1367438/67‑3 (MQ=255) | TCTCTCAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGATGATTGCCGGTAACGCCATGGTAGCGGTGGGGTTGTGTTACAACAATTTAGGGCAACGGGTCATTAGCG > minE/345384‑345505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |