Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	348,854	T→C	58.2%	G384G (GGT→GGC)	gcl →	glyoxylate carboligase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	348,854	0	T	C	58.2%	38.5 / 70.4	98	G384G (GGT→GGC)	gcl	glyoxylate carboligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (9/32);  new base C (11/46);  total (20/78)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01

ACTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAATGCTG  >  minE/348793‑348914                                                              |                                                             aCTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtg                                                       <  1:1209302/69‑1 (MQ=255) aCTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtg                                                       <  1:895976/69‑1 (MQ=255) aCTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtg                                                       <  1:2226946/69‑1 (MQ=255) aCTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtg                                                       <  1:3255489/69‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:477934/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1819002/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1764260/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:649949/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1662022/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1512386/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:2290765/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:2449047/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:2657373/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:3147928/68‑1 (MQ=255)       aCAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1300493/68‑1 (MQ=255)           cGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGt                                             <  1:2066327/69‑1 (MQ=255)             tGCCGGTTAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:442674/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:477491/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:1992112/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2920910/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2048678/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2828508/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2823444/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2759424/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2265840/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2752454/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2734370/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:270711/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2643059/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:1409372/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:1486478/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:138035/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:1644045/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:1407460/56‑1 (MQ=255)             tGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:701507/56‑1 (MQ=255)               ccGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcacc                                         <  1:3423143/69‑1 (MQ=255)                 ggTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac                                       <  1:2760071/69‑1 (MQ=255)                 ggTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac                                       <  1:1779797/69‑1 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2203772/50‑1 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:265140/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:1419564/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:2606408/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:1417470/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:2596190/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:1875036/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:150441/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:66479/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:1767622/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:91622/1‑61 (MQ=255)                   tGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGATGTTTGTTATGt                                             >  1:1925762/1‑61 (MQ=255)                    gAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac                                       >  1:1853082/1‑66 (MQ=255)                    gAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac                                       <  1:3029265/66‑1 (MQ=255)                    gAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcacca                                        >  1:2545877/1‑65 (MQ=255)                      aaCCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:225067/47‑1 (MQ=255)                       aCCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTg                                  <  1:816953/68‑1 (MQ=255)                       aCCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTg                                  <  1:2544206/68‑1 (MQ=255)                       aCCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTg                                  <  1:474413/68‑1 (MQ=255)                          gCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAt                                                        <  1:2082265/43‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCTAtgtttgt                                                  <  1:3255491/41‑1 (MQ=38)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:732321/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:3303923/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:756450/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:545810/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:899519/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:965932/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:534504/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1017075/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:138963/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1828113/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1747480/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1960839/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1673392/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:2022419/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1554525/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1465519/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1336566/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:2562390/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:1244266/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:2677147/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:105614/41‑1 (MQ=255)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTCGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:553220/41‑1 (MQ=37)                                  tgtATGAAGAGATGAACAAAGCCCTTGGCCGCGAtgtttgt                                                  <  1:3310772/41‑1 (MQ=38)                                                aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa        >  1:3040467/1‑69 (MQ=255)                                                aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa        >  1:1286276/1‑69 (MQ=255)                                                aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa        >  1:1151934/1‑69 (MQ=255)                                                aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa        >  1:3390148/1‑69 (MQ=255)                                                aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa        >  1:239780/1‑69 (MQ=255)                                                aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACaa        >  1:2833323/1‑69 (MQ=255)                                                aaCAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCACTGCGGCACaa        >  1:47840/1‑69 (MQ=255)                                                   aaaGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTcaccac                                       <  1:1926482/35‑1 (MQ=255)                                                      gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg  <  1:684185/69‑1 (MQ=255)                                                      gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg  <  1:2075621/69‑1 (MQ=255)                                                      gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg  <  1:394165/69‑1 (MQ=255)                                                      gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg  <  1:2245181/69‑1 (MQ=255)                                                      gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg  <  1:829976/69‑1 (MQ=255)                                                      gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg  <  1:2596529/69‑1 (MQ=255)                                                      gCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg  <  1:3207874/69‑1 (MQ=255)                                                        cTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAAtgctg  <  1:1976106/67‑1 (MQ=255)                                                              |                                                             ACTTCGACAACGTGCCGGTGAAACCGCAGCGCGTGTATGAAGAGATGAACAAAGCCTTTGGTCGCGATGTTTGTTATGTCACCACCATTGGTCTGTCACAAATCGCTGCGGCACAAATGCTG  >  minE/348793‑348914

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑