| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 349,604 | T→C | 49.3% | F36F (TTT→TTC) | hyi → | hydroxypyruvate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 349,604 | 0 | T | C | 49.3% | ‑6.3 / 59.1 | 65 | F36F (TTT→TTC) | hyi | hydroxypyruvate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/27); new base C (14/18); total (20/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACA > minE/349538‑349663 | atatGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTc < 1:1209106/68‑1 (MQ=255) tatGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt < 1:96306/69‑1 (MQ=255) tatGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt < 1:2081559/69‑1 (MQ=255) tatGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt > 1:2892769/1‑69 (MQ=255) tatGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt < 1:2983342/69‑1 (MQ=255) atGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt < 1:641068/68‑1 (MQ=255) atGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt < 1:3353619/68‑1 (MQ=255) atGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt < 1:3306084/68‑1 (MQ=255) atGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt < 1:722249/68‑1 (MQ=255) atGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt < 1:1018935/68‑1 (MQ=255) atGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt < 1:2400333/68‑1 (MQ=255) ttCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCt > 1:2207664/1‑62 (MQ=255) ttCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACt < 1:596685/69‑1 (MQ=255) ttCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACt < 1:2085667/69‑1 (MQ=255) tcGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTAc < 1:3166713/68‑1 (MQ=255) tcGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTAc < 1:731868/68‑1 (MQ=255) tcGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTAc < 1:2649406/68‑1 (MQ=255) cGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTAc < 1:2452086/67‑1 (MQ=255) tGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACa < 1:3130548/69‑1 (MQ=255) tGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACa < 1:25949/69‑1 (MQ=255) tGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACa < 1:2254100/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACa < 1:2997660/58‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCg > 1:2462814/1‑68 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCg > 1:1731509/1‑68 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCg > 1:742558/1‑68 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCg > 1:1805297/1‑68 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:808862/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:885094/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:3217797/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:1139187/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:382569/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:894992/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:366977/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:358959/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:1257782/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:3235472/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:1040348/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2253406/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2882992/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2297541/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2838230/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2466888/69‑1 (MQ=255) gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2476642/69‑1 (MQ=255) ttttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:1552252/68‑1 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAg > 1:2199334/1‑68 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAg > 1:1461418/1‑68 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAg > 1:48266/1‑68 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:3007532/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:2225028/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:762532/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:664266/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:115401/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:55438/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:456353/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:263644/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:3299851/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:1346128/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCCGGCGAg > 1:1913994/1‑68 (MQ=255) ttCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTAc < 1:1258785/35‑1 (MQ=255) ttGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACa < 1:815621/46‑1 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:118018/68‑1 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:534630/68‑1 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:1089830/68‑1 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:2267546/68‑1 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:1444041/68‑1 (MQ=255) | ATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACA > minE/349538‑349663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |