| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 349,637 | T→G | 52.5% | H47Q (CAT→CAG) | hyi → | hydroxypyruvate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 349,637 | 0 | T | G | 52.5% | 12.8 / 63.0 | 61 | H47Q (CAT→CAG) | hyi | hydroxypyruvate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/20); new base G (14/18); total (23/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
GTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCGGGTGACTGGGC > minE/349579‑349696 | gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCg > 1:1805297/1‑68 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCg > 1:742558/1‑68 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCg > 1:1731509/1‑68 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCg > 1:2462814/1‑68 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:3217797/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2253406/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2297541/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2466888/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2476642/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2838230/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:2882992/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:1040348/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:3235472/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:358959/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:366977/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:382569/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:808862/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:885094/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:894992/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:1139187/69‑1 (MQ=255)gTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:1257782/69‑1 (MQ=255) ttttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGa < 1:1552252/68‑1 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAg > 1:1461418/1‑68 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAg > 1:2199334/1‑68 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAg > 1:48266/1‑68 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:115401/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:263644/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:456353/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:3007532/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:55438/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:664266/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:762532/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:2225028/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:1346128/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCTGGCGAGt > 1:3299851/1‑69 (MQ=255) tttCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACAGGTGCCGGCGAg > 1:1913994/1‑68 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:1444041/68‑1 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:118018/68‑1 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:534630/68‑1 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:2267546/68‑1 (MQ=255) tttATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:1089830/68‑1 (MQ=255) aTGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:40326/55‑1 (MQ=255) aTGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:1175170/55‑1 (MQ=255) aTGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:973799/55‑1 (MQ=255) aTGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:2518891/55‑1 (MQ=255) aTGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:1727749/55‑1 (MQ=255) aTGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACa < 1:1998599/55‑1 (MQ=255) aCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCg < 1:1021752/42‑1 (MQ=255) ttGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCGGGTg < 1:3149426/69‑1 (MQ=255) tGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAAttt < 1:1305365/57‑1 (MQ=255) tGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAAttt < 1:2939024/57‑1 (MQ=255) tGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAAttt < 1:2639583/57‑1 (MQ=255) tGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAAttt < 1:2604316/57‑1 (MQ=255) tGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAAttt < 1:2364382/57‑1 (MQ=255) tGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAAttt < 1:1799136/57‑1 (MQ=255) tGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCGGGTg < 1:1505403/68‑1 (MQ=255) gaagaaTTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCGGGTGAc > 1:1996528/1‑69 (MQ=255) gaagaaTTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCGGGTGAc > 1:2253609/1‑69 (MQ=255) gaagaaTTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCGGGTGAc > 1:175792/1‑69 (MQ=255) gaagaaTTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCGGGTGAc > 1:2997212/1‑69 (MQ=255) aTTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCGGGTGACTGggc > 1:3369796/1‑69 (MQ=255) | GTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCGGGTGACTGGGC > minE/349579‑349696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |