| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 39,812 | A→T | 43.0% | intergenic (‑203/‑269) | caiT ← / → fixA | predicted transporter/predicted electron transfer flavoprotein subunit, ETFP adenine nucleotide‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 39,812 | 0 | A | T | 43.0% | 29.9 / 72.2 | 74 | intergenic (‑203/‑269) | caiT/fixA | predicted transporter/predicted electron transfer flavoprotein subunit, ETFP adenine nucleotide‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/17); new base T (13/18); total (38/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAA > minE/39746‑39864 | ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaata > 1:1839335/1‑69 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaata > 1:2248018/1‑69 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaata > 1:3389398/1‑69 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaata > 1:1178871/1‑69 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaata > 1:311315/1‑69 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaata > 1:2360124/1‑69 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaata > 1:2908681/1‑69 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaat > 1:625037/1‑68 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaat > 1:1805206/1‑68 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaat > 1:1231200/1‑68 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaat > 1:2368806/1‑68 (MQ=255)ttCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATtaat > 1:2872086/1‑68 (MQ=255) aTTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGTGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAg < 1:1150391/67‑1 (MQ=255) ggTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGt < 1:2938902/69‑1 (MQ=255) ggTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGt < 1:1789501/69‑1 (MQ=255) ggTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGt < 1:3000179/69‑1 (MQ=255) ggTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGt < 1:978736/69‑1 (MQ=255) cacaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGc > 1:2924360/1‑69 (MQ=255) cacaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGc > 1:2988394/1‑69 (MQ=255) cacaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGc > 1:1758435/1‑69 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGTATAGAGGGCATTTTTTCGTTAATTTTGATTATTAATCAGTTTGTTATgt > 1:2818623/1‑67 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGct > 1:1079837/1‑69 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGct > 1:2560522/1‑69 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGct > 1:2383420/1‑69 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGct > 1:3100352/1‑69 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGct > 1:3148268/1‑69 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGct > 1:873876/1‑69 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGct > 1:101836/1‑69 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGct > 1:152688/1‑69 (MQ=255) 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1:1707012/1‑41 (MQ=255) ggCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCt > 1:1150071/1‑69 (MQ=255) ggCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCt > 1:1165165/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGAc > 1:2719193/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGAc > 1:3247503/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGAc > 1:2718398/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGAc > 1:878198/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGAc > 1:2995295/1‑69 (MQ=255) gTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGATCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGAc > 1:2836387/1‑69 (MQ=255) ttttttCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTtgtg < 1:356033/48‑1 (MQ=255) ttttCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACtt > 1:42339/1‑68 (MQ=255) 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TTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAA > minE/39746‑39864 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |