| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 365,796 | T→C | 39.0% | K532K (AAA→AAG) | fepA ← | iron‑enterobactin outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 365,796 | 0 | T | C | 39.0% | 15.0 / 25.2 | 41 | K532K (AAA→AAG) | fepA | iron‑enterobactin outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/21); new base C (7/9); total (11/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGG > minE/365733‑365860 | aTCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGATCAATCTCTttgtt < 1:1346338/69‑1 (MQ=255)aTCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTttgtt < 1:1304709/69‑1 (MQ=255) tCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTttgtt < 1:536229/68‑1 (MQ=255) gACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTttgtt < 1:52527/51‑1 (MQ=255) gACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTttgtt > 1:145905/1‑51 (MQ=255) gACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTttgtt < 1:29644/51‑1 (MQ=255) gACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTttgtt > 1:2626558/1‑51 (MQ=255) aCGCCCGCCAGCCAACCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTc < 1:752563/69‑1 (MQ=255) aCGCCCGCCAGCCAACCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTc < 1:400790/69‑1 (MQ=255) aCGCCCGCCAGCCAACCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTc < 1:3209459/69‑1 (MQ=255) aCGCCCGCCAGCCAACCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTc < 1:3206790/69‑1 (MQ=255) aCGCCCGCCAGCCAACCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTc < 1:3170796/69‑1 (MQ=255) aCGCCCGCCAGCCAACCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTc < 1:258116/69‑1 (MQ=255) aCGCCCGCCAGCCAACCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTc < 1:2370618/69‑1 (MQ=255) aCGCCCGCCAGCCAACCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTc < 1:232792/69‑1 (MQ=255) cgccAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTc < 1:394816/69‑1 (MQ=255) cgccAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTc < 1:2614331/69‑1 (MQ=255) cgccAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTc < 1:1203559/69‑1 (MQ=255) accGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGttt > 1:3269144/2‑47 (MQ=255) accGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATcat > 1:2459268/2‑63 (MQ=255) accGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATcat > 1:2773729/2‑63 (MQ=255) accGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATcat > 1:245442/2‑63 (MQ=255) accGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATcat > 1:2126389/2‑63 (MQ=255) accGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATca > 1:231958/2‑63 (MQ=255) accGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATca > 1:2673293/2‑63 (MQ=255) gcgTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTc < 1:2474996/54‑1 (MQ=255) tttGAACTCCAGACCAATCTCCTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTc < 1:318685/46‑1 (MQ=255) tGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATagc > 1:308232/1‑69 (MQ=255) tGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATagc > 1:3358182/1‑69 (MQ=255) tGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATagc < 1:2089850/69‑1 (MQ=255) ccAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCAt < 1:732373/45‑1 (MQ=255) ccAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCAt < 1:1400866/45‑1 (MQ=255) ccAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCAt < 1:1061080/45‑1 (MQ=255) ccAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCAt < 1:3232758/45‑1 (MQ=255) ccAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCAt < 1:1635409/45‑1 (MQ=255) ccAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCAt < 1:2227474/45‑1 (MQ=255) ccAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCAt < 1:2637614/45‑1 (MQ=255) ccAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCAt < 1:258670/45‑1 (MQ=255) tctcTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTgg < 1:617527/69‑1 (MQ=255) tctcTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTgg < 1:251482/69‑1 (MQ=255) tctcTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTgg < 1:2453522/69‑1 (MQ=255) ctctTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGtt > 1:3113259/1‑39 (MQ=255) ctctTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTgg > 1:3326580/1‑68 (MQ=255) ctctTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTgg > 1:399054/1‑68 (MQ=255) ctctTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTgg > 1:1540337/1‑68 (MQ=255) | ATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGG > minE/365733‑365860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |